В сообщении Счетной палаты РФ от 14 февраля 2012 года указана настоящая стоимость реконструкции Большого театра. Эта сумма составляет 35,4 млрд руб., что на 10-15 млрд превышает все прежние оценки. По сведениям Счетной палаты, всего на реконструкцию было выделено 37 млрд руб., большая часть средств была освоена к 1 января 2012 года. Работы продолжались более шести лет — с лета 2005 года по октябрь 2011-го, когда главная сцена Большого была наконец открыта для публики. Несмотря на отмеченные недостатки, в частности задержку введения в эксплуатацию производственно-складского комплекса театра, в целом итоги реконструкции оцениваются положительно.
Между тем по результатам предыдущей проверки, проведенной Счетной палатой в августе 2009 года, были выявлены грубые нарушения, допущенные в ходе реконструкции. Стоимость работ оказалась завышенной в 16 раз, и по итогам проверки было возбуждено уголовное дело о растрате. До сих пор, однако, неизвестно, ведется ли расследование этого дела. Архитектурный критик Григорий Ревзин в октябре 2011 года заявил, что квадратный метр Большого стоит на порядок дороже, чем европейские аналоги.