В мае 1994 года в ВС Крыма были избраны 60 депутатов от блока "Россия", 14 депутатов от крымско-татарской фракции "Курултай", и 5 независимых депутатов, примкнувших к блоку "Россия". По одномандатному армянскому национальному округу был избран Анушаван Данелян. В результате в первом составе президиума ВС абсолютное большинство составлял блок "Россия".
Первый конфликт между ВС Крыма и президентом Юрием Мешковым возник при утверждении "московского" правительства Евгения Сабурова. Против Сабурова выступила и часть депутатов от блока "Россия". Вскоре ВС Крыма отменил большинство указов Мешкова и лишил его права по формированию правительства. В августе 1994 г. в конституцию Крыма были внесены поправки: президент превратился в "свадебного генерала".
17 ноября 1994 г. ВС Украины отменил более 40 крымских законов, а 17 марта 1995 г. упразднил конституцию и институт президентства в Крыму. 30 марта 1995 г. правительство Крыма было переподчинено украинскому правительству. 6 июля 1995 г. спикер крымского парламента Сергей Цеков был отправлен в отставку, и на этот пост был избран проукраински настроенный Евгений Супрунюк, а 11 июля избрали проукраинский президиум ВС Крыма. 18 августа 1995 г. депутаты добились восстановления контроля Республики Крым над своим правительством, но без права назначать премьер-министра. В ответ 30 января 1996 г. Киев расширил полномочия постоянного представителя президента Украины в Крыму.
9 октября 1996 г. Евгений Супрунюк отправлен в отставку, председателем ВС избран лидер антикриминальной коалиции Василий Киселев. 13 февраля 1997 г. председателем ВС избран проукраински настроенный Анатолий Гриценко.