Пока КонфОП решала вопрос о наклейках на госуровне, отдельные граждане вели борьбу с ними на местах. В активную фазу она перешла в феврале 2000 года. Первой победой стало решение Госдумы от 24 мая 2000 года — депутаты отклонили проект закона "О маркировании", который призван был легализовать эту практику. Практически сразу после этого решения суды стали выносить оправдательные приговоры в отношении предпринимателей, привлеченных к уголовной ответственности за отсутствие голографических наклеек.
В июне 2000 года Челябинский областной суд удовлетворил иск студента 5-го курса Международного института экономики и права Дениса Завьялова к администрации Челябинской области о признании незаконным постановления губернатора Петра Сумина о введении местных марок на алкогольную продукцию.
В июне 2000 года отменено маркирование безалкогольных напитков в Новосибирской области, в июле — в Удмуртии и в Московской области, в августе — в Хабаровском крае.
В июле территориальными управлениями Министерства РФ по антимонопольной политике и поддержке предпринимательства в Мордовии, Удмуртии и Новосибирской области, а также прокуратурами Мордовии и Московской области вынесены протесты на местные нормативные акты, противоречащие положениям закона о сертификации, в первую очередь в отношении алкогольной продукции, минеральной и природной питьевой воды, безалкогольных напитков.
3 июля 2000 года в Барнауле Алтайский краевой суд признал незаконным введенное местными властями маркирование минеральной воды и безалкогольных напитков. Администрация края пыталась обжаловать это решение, но 5 сентября Верховный суд РФ оставил его в силе.
В конце июля — начале августа Моспрокуратура опротестовала распоряжение мэра 1998 года "О новом порядке реализации видео- и аудиокассет, компьютерных информационных носителей, лазерных и компакт-дисков в г. Москве".