За время развития дела ЮКОСа опальный олигарх стал объектом вдохновения для писателей, художников и музыкантов.
Михаилу Ходорковскому посвящено большое количество публицистики, однако он оставил свой след и в художественной литературе. Так, бизнесмен появляется в романе Сергея Доренко "2008", в котором выходит из тюрьмы и вместе с Эдуардом Лимоновым начинает руководить страной. Он считается прототипом опального миллиардера Дмитрия Белоключевского в романе Татьяны Устиновой "Олигарх с Большой Медведицы". Ее герой также выходит на волю, становится бомжом и находит настоящую любовь. А в романе Марины Юденич "Нефть" Михаил Ходорковский, узнаваемый под именем Леонид Лемех, умирает от аневризмы после неудачной попытки дать президенту взятку $15 млрд в обмен на власть. Один из персонажей повести "Чучхе" дуэта писателей Александра Гарроса и Алексея Евдокимова — олигарх Горбовский, перебравшийся за границу после разгрома властями его компании "Росойл". В "Политологе" Александра Проханова глава нефтяной империи "Глюкос" Арнольд Маковский проделал путь от властителя сибирских нефтяных угодий до узника "Матросской тишины". Упоминается опальный олигарх и в произведениях Сергея Минаева и Виктора Пелевина. Писатель Григорий Чхартишвили (Борис Акунин) также подумывал написать книгу о Ходорковском, однако потом "отставил эту идею", потому что "это слишком серьезно для беллетристики".
История экс-главы ЮКОСа также нашла отражение в изобразительном искусстве. За последние годы прошло несколько выставок, посвященных суду над Михаилом Ходорковским. Названия говорят сами за себя: "Процесс", "Рисуем суд", "Рисунки по делу", "Казнить нельзя помиловать". Среди авторов — Гарри Бардин, Павел Шевелев, Александр Котляров, Борис Жутовский, Ия Озерова, Екатерина Белявская, Анастасия Захарова и многие другие. Диапазон работ достаточно широк, это картины, фотографии, коллажи, комиксы, карикатуры и даже нетканые гобелены из войлока. Новосибирский художник Артем Лоскутов сделал выставку "Равноудаление", на которой представил работы, изображающие Михаила Ходорковского персонажем картин об узниках прошлого. Также частью выставки стали коллажи, переносящие за решетку Романа Абрамовича, Елену Батурину, Владимира Потанина и других известных предпринимателей.
Михаил Ходорковский повлиял и на музыку. Эстонский композитор Арво Пярт посвятил ему свою симфонию N 4 "Лос-Анджелес". По словам автора, он хотел "музыкальным способом протянуть руку узнику". Сергей Шнуров в одном из интервью заявил, что на написание песни "Свобода" его вдохновила в том числе и статья Ходорковского "Кризис либерализма в России".