Реформировать РАО ЕЭС начали в декабре 1999 года. Тогда совет директоров этой компании создал рабочую группу для выработки концепции реструктуризации РАО. Процесс либерализации электроэнергетики подразумевал разделение единого и целого энергохолдинга на отдельные компании, занимающиеся разным бизнесом: генерацией, передачей электроэнергии и ее сбытом. Кроме того, планировалось создание объединенных генерирующих компаний (ОГК), территориальных генерирующих компаний (ТГК) и межрегиональных распределительных сетевых компаний (МРСК).
По плану в отрасль должен был прийти и частный капитал. Автором концепции выступил Анатолий Чубайс, занимавший в то время пост председателя правления РАО "ЕЭС России".
15 декабря 2000 года на заседании правительства проект, разработанный совместно с Министерством экономического развития, был принят за основу и направлен на доработку. Спустя чуть более чем полгода, в июле 2001-го, тогдашний председатель правительства РФ Михаил Касьянов подписал постановление "О реформировании электроэнергетики РФ". Таким образом, официально началось реформирование отрасли по плану господина Чубайса.
На первом этапе реформы энергетической компании был принят пакет федеральных законов, что положило начало преобразованию региональных энергокомпаний. Кроме того, была создана инфраструктура рынка, появилась компания, обеспечивающая работу энергосистемы,— ОАО "Системный оператор", компания, управляющая распределительными электросетями,— ОАО "Федеральная сетевая компания ЕЭС", и "Администратор торговой системы" (эта компания должна организовывать торги электроэнергией). В сентябре 2007 года из состава РАО были выделены генерирующие компании ОГК-5 и ОАО ТГК-5.
На втором этапе завершились структурные преобразования активов энергохолдинга. Часть активов и функций передали государству, часть — инфраструктурным компаниям. Всего из РАО ЕЭС в ходе второго этапа реорганизации этой компании было выделено 6 ОГК, 14 ТГК, 11 МРСК и ГидроОГК. В ходе реформы РАО привлекались частные инвестиции. Делалось это за счет размещения и продажи акций компаний. Общий объем частных инвестиций, привлеченных в ходе реформы, составил 803,5 млрд рублей.
С 1 июля РАО "ЕЭС России" прекратило свое существование. Глава компании Анатолий Чубайс возглавил государственную корпорацию "Роснанотехнологии".