В марте 1992 года страны СНГ договорились о создании объединенного командования пограничных войск, одновременно начался вывод пограничных частей из Эстонии, Латвии и Литвы. Уже в июле 1992 года объединенное командование было упразднено, и страны Содружества начали создавать собственные пограничные силы. Тем не менее российские пограничники продолжили охранять внешние границы Туркмении, Таджикистана, Грузии, Киргизии, Армении на основе двусторонних соглашений с правительствами этих стран.
В 1996 году президент Грузии Эдуард Шеварднадзе обвинил российских пограничников в осложнении внешнеэкономической деятельности страны. Вскоре парламент Грузии принял договор о поэтапном сворачивании пограничного сотрудничества, и к концу 1999 года границу под контроль взяли грузины.
В мае 1999 года Туркмения разорвала бессрочный договор о совместной охране госграницы, объяснив, что "национальная пограничная служба сложилась в четко налаженную структуру, обеспеченную собственными кадрами". Россия была вынуждена за полгода вывести из страны 2 тыс. своих пограничников.
В июле 1999 года Москва по собственной инициативе вывела пограничников из Киргизии. Федеральная пограничная служба РФ объяснила этот шаг необходимостью экономии.
В сентябре 2003 года о намерении отказаться от помощи в охране границ заявил Таджикистан. При этом начальник штаба таджикской погранслужбы заявил, что Москва нарушает соглашение о сотрудничестве, заключенное в 1993 году, и не допускает таджикских военных к охране границы. К 2005 году РФ вывела из страны своих пограничников.
В настоящее время российские пограничники продолжают охранять госграницу Армении с Турцией и Ираном.