31 октября 2001 года господин Пронин заявил, что массовый погром на Царицынском рынке был не организованной акцией, а лишь стихийной дракой футбольных болельщиков. 20 ноября 2002 года Мосгорсуд, сочтя акцию заранее спланированной, приговорил к девяти годам лишения свободы за организацию массовых беспорядков задержанного Михаила Волкова. Еще четверо участников погрома получили по три года тюрьмы.
23 октября 2002 года генерал Пронин назвал взрыв автомобиля у ресторана McDonald`s на юго-западе Москвы 19 октября "криминальной разборкой с использованием террористических методов и средств" и добавил, что другие версии этого преступления "практически все отпали". 7 ноября пресс-центр ГУВД объявил, что взрыв автомобиля у ресторана McDonald`s в Москве и захват заложников в театральном центре на Дубровке были организованы членами одной и той же террористической организации.26 октября 2003 года Владимир Пронин объявил, что подписал приказ, запрещающий столичной милиции проверять документы у граждан, "если они не совершили административное правонарушение или преступление". В пресс-центрах МВД РФ и ГУВД Москвы не смогли подтвердить информацию о существовании такого приказа.