Поскольку все Поместные православные церкви признают территорию Абхазии частью Грузинской православной церкви (ГПЦ), долгое время Абхазия, по сути, оставалась без собственного епископа, который мог бы рукополагать местных священников. Из-за отсутствия каких-либо отношений между Абхазией и Грузией грузинский патриарх туда приезжать не может, а Московский патриархат мог только неофициально присылать в Абхазию священников-абхазов, рукоположенных в РПЦ и выведенных за штат.
В 2009 году управляющий бывшей Сухумо-Абхазской епархией Грузинской церкви иерей Виссарион Аплиа принял решение о создании Сухумо-Абхазской епархии. Де-факто епархия тесно "дружила" с РПЦ, но это не дало Абхазской церкви официального признания. В мае 2011 года молодые абхазские священники — настоятель Ново-Афонского монастыря Андрей Ампар и обучавшийся в Греции архимандрит Дорофей Дбар — создали Священную митрополию Абхазии. Свое решение они мотивировали тем, что Абхазия больше не может ждать, пока Москва рукоположит абхазского епикопа, и теперь будут искать признания во всех частях света. Таким образом, в Абхазии образовалось два духовных центра. В РПЦ действия молодых священников назвали раскольническими и запретили их в служении — сначала на один, а потом на три года.
Власти Абхазии долгое время не вмешивались в церковный конфликт. Однако в мае этого года президент республики Александр Анкваб, выступая на Втором российско-абхазском гуманитарном форуме, обратился к Московскому патриархату с просьбой рукоположить абхазского епископа.
В свою очередь, представители Абхазской митрополии считают, что процесс становления независимой Абхазской церкви уже запущен, и ему ничто не помешает. "Абхазский народ высказался на плебисците, 70 тыс. граждан РА хотят воссоздания Абхазской автокефальной церкви,— заявил "Власти" редактор газеты "Христианская Абхазия" и секретарь Священной митрополии Абхазии (СМА) Герман Маршан.— Переговорный процесс по этому поводу между заинтересованными сторонами идет уже два года, между Вселенской и Грузинской Патриархиями. В начале лета этого года мы получили мощи Элладских святых и шесть антиминсов для совершения Божественной литургии со Святой горы Афон". По словам Маршана, летом этого года СМА получила и "внутреннюю легитимность", перейдя из разряда общественных в религиозные организации. Еще в 2012-м парламент Абхазии принял довольно прогрессивный закон "О свободе совести и религиозных объединениях", 31 марта этого года закон вступил в силу, а 5 июня Священная митрополия Абхазии была официально зарегистрирована Минюстом Абхазии, и пока это единственная в республике религиозная организация.