Следствие по делу БМП продолжалось около четырех лет. За это время состав следственной бригады успел практически полностью обновиться, многие из следователей уже давно не работают в прокуратуре. Напомним, что преступной группе, как назвали подсудимых представители предварительного следствия, инкриминируется присвоение крупных сумм в валюте, принадлежащих БМП. В апреле 1991 года Санкт-Петербургское представительство отделения Международного центра культуры заключило с БМП соглашение о совместной деятельности. От имени представительства его подписал Александр Финкельштейн, руководивший также Институтом прикладной астрономии и гуманитарной организацией "Всемирная лаборатория". Предметом соглашения являлась совместная эксплуатация и приобретение судов, разработка научных программ по заказам пароходства, техническое оснащение флота и разработки в области экологии. 75% валютной выручки от программ должно было направляться на ремонт и приобретение судов, закупку снаряжения и оборудования. 25% валюты планировалось вкладывать в разработку наукоемких технологий.
На самом деле, по мнению предварительного следствия, валюта незаконно поступала на расчетные счета "Всемирной лаборатории" и ее иностранных партнеров в российских и зарубежных банках.
Кроме того, следствие пришло к выводу, что подсудимые незаконно расходовали огромные суммы на командировочные расходы. Сотруднику "Всемирной лаборатории" Сергею Кузнецову вменяют в вину получение $26,7 тыс. в виде командировочных выплат, из которых он передал $20 тыс. Финкельштейну, $2100 Чернявскому, а остальное оставил себе. Сам Харченко, по мнению зампрокурора города Владимира Деревчука, присвоил в виде выплат на командировочные расходы $39,5 тыс. В целом, по данным следствия, обвиняемые истратили на командировочные расходы более $700 тыс. Особой строкой в материалах уголовного дела выделен факт приобретения для сотрудников "Всемирной лаборатории" и БМП девяти легковых автомобилей "Мерседес". Сумма гражданского иска, заявленного новым руководством БМП "Всемирной лаборатории", составляет $15 млн 864 тыс. 755. Правда, в ноябре прошлого года он был отозван из арбитражного суда.