АФК «Система» ведет свою историю с 1993 года, когда корпорацией были приобретены первые активы в области телекоммуникаций, электроники, туризма, торговли, нефтепереработки, строительства и недвижимости. В 1993-1994 годах «Система» приобрела контрольный пакет акций ОАО «ВымпелКом», первой российской компании по оказанию услуг мобильной телефонной связи. В 1995-1996 годах АФК «Система» вошла в капитал МГТС и приобрела долю в компании «Мобильные ТелеСистемы». В 1997 году для управления пакетами акций телекоммуникационных компаний был создан холдинг «Система Телеком». В 1998 году был создан страховой холдинг на базе РОСНО. В 2003 году АФК «Система» выкупила у Deutsche Telecom 10% акций МТС, в результате чего стала мажоритарным акционером крупнейшего мобильного оператора Восточной Европы. В том же году компания получила контроль над «Комстар» (50%) и «Космос ТВ» (50%), заплатив за это около $35 млн, и объявила о создании мобильного оператора «Скайлинк».

В 2004 году АФК «Система» и Alcatel подписали контракт на развертывание первой в России широкополосной развлекательной сети. В том же году обыкновенные акции компании включили в котировальный список «В» биржи РТС. В 2005 году АФК «Система» приобрела миноритарные пакеты акций в компаниях БашТЕК, включая Башнефть и Башкирэнерго. В 2007 году акции АФК «Система» включены в котировальный список «В» ММВБ. В том же году компания продала 47,4% РОСНО компании Allianz с правом выкупа оставшихся 3% в течение нескольких лет (оно было реализовано в 2009 году).

В 2008 году АФК «Система» завершила объединение медицинских активов в холдинг ЗАО «Группа компаний «Медси», а в 2009 году приобрела контрольные пакеты акций компаний БашТЭК. В 2010 году АФК «Система» заключила соглашение о покупке 49% акций ОАО НК «РуссНефть», сумма сделки по которому не превысила $100 млн. В 2010 году Сбербанк выкупил у АФК «Система» 25% + 1 акция в ОАО «Детский мир – Центр». В 2011 году была утверждена новая организационная структура и структура управления, которая предполагала переход к модели инвестиционной компании. Тогда же АФК «Система» приобрела свои первые сельскохозяйственные активы: 100% долю в ОАО «Донское» за 476,5 млн руб. и 100% акций ОАО «Конный завод им. Первой конной армии» за 303 млн руб.

В 2012 году АФК «Система» выкупила у «Башнефти» 50% «Финансового альянса» (оператора железнодорожного подвижного состава) за 3,41 млрд руб. В том же году компания вышла из всех электрогенерирующих активов, но выиграла приватизационный тендер на покупку 100% в «СГ-транс». Также АФК «Система» и члены семьи Louis-Dreyfus создали совместное предприятие в области сельского хозяйства в России. В 2013 году АФК «Система» продала долю в «РуссНефти» за $1,2 млрд. В том же году компания продала 70% и 15% акций ОАО «СГ-транс» компании «Финансовый Альянс» и Unirail Holdings Limited, а также приобрела 98% ОАО «Объединенная нефтехимическая компания» у «Башнефти» за 6,2 млрд руб. Тогда же совет директоров АФК одобрил программу реструктуризации ЗАО «Система-Инвест» для устранения перекрестного владения в «Башнефти». В 2014 году АФК «Система» передала государству все акции ОАО АНК «Башнефть» по итогам судебного процесса о незаконной приватизации актива. Тогда же «Система» приобрела 10,8% OZON за $ 75 млн, ее дочерняя компания — ОАО «МТС» — также выкупила 10,8%. По условиям сделки представители обеих компаний вошли в совет директоров OZON.

В 2015 году дочерняя компания АФК «Система» — ЗАО «ДМ Финанс» — продала 23,1% акций ПАО «Детский мир» Российско-китайскому инвестиционному фонду за 9,75 млрд руб. В 2017 году АФК «Система» провела успешное IPO акций ГК «Детский мир» на Московской бирже, в ходе которого цена размещения составила 85 руб. за акцию. В 2016 году АФК «Система» и «Роснано» запустили совместный фонд прямых инвестиций, ориентированный на вложения в высокотехнологичные компании и проекты. Общий размер фонда — до $100 млн. В 2016 году АФК «Система» провела ряд сделок по продаже акций МТС, в результате которых доля группы в уставном капитале МТС снизилась до 50,03%.