Наиболее известным следственным изолятором ФСБ является московское "Лефортово" (около 200 мест). В большинстве региональных управлений ФСБ подследственные находятся в обычных СИЗО, подчиненных территориальным управлениям Федеральной службы исполнения наказания Министерства юстиции РФ. Как правило, для лиц, "закрепленных" за ФСБ, в этих СИЗО выделяются отдельные камеры. Известно о существовании собственных СИЗО УФСБ в Санкт-Петербурге, Саранске, Ростове-на-Дону и Владикавказе. Информация об этих изоляторах, численности подследственных, режиме и т. д. засекречена. Среди заключенных считается, что бытовые условия в следственных изоляторах ФСБ лучше, чем в обычных, однако режим гораздо строже, к тому же ведется более активная агентурная работа.