Управление является преемником дореволюционного Московского уголовного сыска и советского Московского уголовного розыска (МУР). Официальной датой создания ведомства считается 5 октября 1918 года, когда постановлением НКВД было утверждено Положение об организации отделов уголовного розыска.
В настоящее время в структуре московского угрозыска насчитывается более 20 отделов. В штате управления служат около 550 сотрудников (всего в системе столичного уголовного розыска — более 3,5 тыс.). На их долю приходится раскрытие 80% совершенных в столице убийств, более половины изнасилований, разбоев и других тяжких преступлений, а также около трети всех краж и грабежей. В активе МУРа множество резонансных дел: раскрыты убийства председателя Российского фонда инвалидов войны в Афганистане Михаила Лиходея и президента Федерации хоккея России Валентина Сыча, установлены причастные к взрыву на Котляковском кладбище, обезврежен "лосиноостровский маньяк", задержаны члены ореховской и других преступных группировок.
На протяжении почти всей своей истории МУР располагался в здании по адресу Петровка, 38, которое стало нарицательным для обозначения уголовного розыска.