В начале своего президентства и Владимир Путин, и Дмитрий Медведев создали по экспертному центру для разработки предложений по реформированию страны. Как оказалось, многие их идеи остаются невостребованными.
Фонд "Центр стратегических разработок" (ЦСР) создан в декабре 1999 года как "мозговой центр" будущего президента Владимира Путина для разработки социально-экономических реформ. Возглавил работу центра Герман Греф, вскоре ставший министром экономического развития и торговли (ныне глава Сбербанка, занимает пост председателя совета ЦСР). В начале 2000-х годов высокие посты получили и другие ведущие эксперты центра, например Аркадий Дворкович и Алексей Улюкаев. Президентами центра были Дмитрий Мезенцев (ныне губернатор Иркутской области) и Эльвира Набиуллина (глава Минэкономразвития), затем пост занял бывший первый заместитель Грефа в МЭРТе Михаил Дмитриев. Источники финансирования фонда не раскрываются. По данным базы СПАРК, в 2010 году он заключил пять госконтрактов с Минэкономразвития, ГУ-ВШЭ и управделами президента на общую сумму 13,6 млн руб. Также известно, что в январе 2004 года ЦСР получил 3,25 млн руб. из избирательного фонда Владимира Путина.
Главным достижением ЦСР стала разработанная в 2000 году "Стратегия социально-экономического развития до 2010 года", которая использовалась при формировании политики правительства, хотя и не получила статуса официального документа. На итоговой конференции в июне 2010 года эксперты фонда оценили реализацию предложенных ими мер в 36-40%. Среди успехов названы повышение уровня жизни населения и удвоение ВВП. Нереализованными, по мнению самого ЦСР, остались следующие цели: создание общественных институтов, развитие местного самоуправления, безусловность исполнения законов, диверсификация и повышение конкурентоспособности экономики. После завершения работы над стратегией Центр оказывал экспертную поддержку административной, налоговой и другим реформам правительства, участвовал в разработке нацпроектов, федеральных целевых программ, методики антикоррупционной экспертизы законов. Всего в 1999-2008 годах ЦСР реализовал около 130 проектов. В последнее время он занимается вопросами развития пенсионной системы, создания национальной платежной системы, предоставления госуслуг и др.
Фонд "Институт современного развития" (ИНСОР) создан в марте 2008 года на базе Центра развития информационного общества ("РИО-Центр"). Занимается подготовкой предложений и документов по важнейшим направлениям государственной политики. Считается интеллектуальным центром президента Дмитрия Медведева, который возглавляет попечительский совет фонда. В число попечителей также входят выходцы из ЦСР Эльвира Набиуллина, Дмитрий Мезенцев, Аркадий Дворкович. Председатель правления ИНСОРа — член бюро правления РСПП Игорь Юргенс. Для финансирования деятельности института создан специализированный фонд управления целевым капиталом, в распоряжении которого на апрель 2010 года находилось 160 млн руб.
В первый год своей работы ИНСОР подготовил доклад "Демократия: развитие российской модели", в котором призвал главу государства осуществить либерализацию сверху. Часть мер, касающихся упрощения деятельности партий, нашла отражение в послании президента. Наиболее громкой работой ИНСОРа стал обнародованный в феврале 2010 года доклад "Россия XXI века: образ желаемого завтра". Среди выдвинутых в нем инициатив — возвращение к прямым выборам губернаторов, сокращение сроков работы президента и депутатов, снижение проходного барьера в Госдуму, ликвидация МВД, ГИБДД и ФСБ. Во внешней политике — членство в ВТО и ОЭСР, партнерство с Евросоюзом и вступление в НАТО. Многие идеи доклада были восприняты как футуристические, однако эксперты могут записать себе в актив беспрецедентный саммит НАТО в Лиссабоне, на котором Дмитрий Медведев договорился с альянсом о сотрудничестве. Значительная часть этих мер перекочевала в последний доклад института "Обретение будущего. Стратегия-2012. Конспект", который в ИНСОРе называют попыткой создать предвыборную программу президента Дмитрия Медведева. Среди других работ — предложения по реформированию пенсионной системы и здравоохранения, концепция модернизации уголовного законодательства в экономической сфере, исследование перспектив объединения Москвы и Московской области.