Родился 4 марта 1949 года в Сухуми. В 1972 году окончил Грузинский институт субтропического хозяйства (Сухуми) по специальности "агроном". Во время учебы подрабатывал рабочим на винзаводе и инкассатором, после вуза трудился в совхозе и служил в армии. С 1975 года — на комсомольской и партийной работе. С 1979 года — первый секретарь Абхазского обкома комсомола, с 1982 года первый секретарь Очамчирского райкома компартии Грузии. В 1989 году, в самом начале грузино-абхазского конфликта, возглавлял ополченцев города Очамчира, был ранен. В 1989 году стал зампредом агропромышленного комитета Абхазской АССР, в 1991 году руководил Очамчирским райсоветом. С 1992 года — заместитель главы правительства Абхазии, в 1997 году возглавил правительство. В 1999 году назначен гендиректором госкомпании "Черноморэнерго". 3 октября 2004 года на президентских выборах набрал 50,08% голосов, но его победу не признал "преемник" уходящего президента Рауль Хаджимба. При посредничестве России господин Багапш согласился на новое голосование и пошел на выборы вместе с господином Хаджимбой, который согласился стать вице-президентом. 12 января 2005 года этот тандем получил 91,5% голосов. 12 декабря 2009 года переизбран с 61,2%, вновь победив Рауля Хаджимбу. Женат, двое детей.