Российские операции по поиску пропавших судов часто были масштабными, но не всегда успешными.
В июне 1995 года сухогруз "Линк Стар" c экипажем из 23 россиян, принадлежавший российско-корейскому СП "Линк-вест ЛТД", вышел из Индии в Сингапур с грузом проволоки. 1 июля судно не прибыло в порт назначения, а за два дня до этого перестало выходить на связь. Поиски сухогруза в течение трех с половиной месяцев вели Международное морское бюро и сингапурский Центр по борьбе с морским пиратством. Хабаровский губернатор Виктор Ишаев и жены пропавших моряков обратились к премьеру Виктору Черномырдину и МИД РФ, после чего к поискам судна подключили ФСБ, службу внешней разведки, транспортную прокуратуру РФ и Интерпол. Однако никаких следов сухогруза не нашли. По одной из версий, его захватили пираты, по другой — "Линк Стар" затонул из-за изношенности корпуса.
27 сентября 1996 года сейнер САОР-3 севастопольской фирмы "Рыбфлот" с шестью рыбаками на борту вышел на сутки в Черное море на промысел кильки, но так и не вернулся в порт. В последний раз его видели утром 27 сентября с корабля Черноморского флота РФ, участвовавшего в учениях в этом районе. В течение двух недель в десятимильной зоне между Евпаторией и Севастополем сейнер искали корабли ВМС Украины. Руководство "Рыбфлота" сначала делало противоречивые заявления об угоне судна в Турцию или Болгарию, а потом предположило, что сейнер был случайно уничтожен кораблями российского флота во время учебных стрельб. В ответ на это 5 октября пресс-центр ЧФ заявил, что "принял непосредственное участие в поисках пропавшего судна. Для этого были привлечены значительные силы и средства, включая авиацию флота. На мероприятия по спасению украинского сейнера командование ЧФ израсходовало немалые материальные и финансовые средства". Позднее версию о потоплении сейнера военными кораблями рассматривала прокуратура Севастополя, однако ни доказательств вины российских военных, ни самого судна найдено не было.
11 ноября 2002 года транспортный рефрижератор "Тулун" вышел из японского порта Вакканай в южнокорейский Пусан, а 19 ноября штаб Федеральной пограничной службы (ФПС) РФ получил сообщение морской полиции КНР о вооруженном захвате судна траулером Korf. В тот же день об инциденте доложили президенту Владимиру Путину, который поручил МИДу и ФПС "разобраться и принять необходимые меры". На поиски отправился самолет Ан-26, два пограничных сторожевых корабля и два корабля Тихоокеанского флота — БПК "Адмирал Пантелеев" и гидрографическое судно. После предупреждения моряков о готовности открыть огонь капитан "Тулуна" вышел на связь и сообщил, что никакого захвата не было, а был конфликт внутри сахалинской компании-судовладельца. По его словам, на траулере Korf находились представители одной из конфликтующих сторон, вооруженные бейсбольными битами, однако команда "Тулуна" отбила атаку. "Адмирал Пантелеев" обнаружил рефрижератор в проливе Лаперуза и сопроводил его во Владивосток.
8 ноября 2007 года сухогруз "Камюст-1" отправился из Астрахани в Иран с 12 россиянами на борту и грузом — 2,2 тыс. тонн металла. 11 ноября связь с судном была потеряна, а 14 ноября оно не прибыло в порт назначения. 17 ноября пресс-служба Минтранса РФ заявила о подготовке спасательной операции "с привлечение министерств и ведомств России, Казахстана и Ирана". В район бедствия направился пограничный сторожевой корабль ФСБ "Расул Гамзатов", а на следующий день к поискам подключились сторожевой ракетный корабль "Татарстан", спасательный вертолет и еще девять теплоходов, буксиров и сухогрузов. 20 ноября один из сухогрузов обнаружил плот с тремя живыми членами экипажа. 30 ноября были найдены тела двух погибших моряков, после чего поисковые работы были прекращены.
15 января 2008 года из Находки в Гонконг отправился российский сухогруз "Капитан Усков", на борту которого находились 17 россиян и 4,5 тыс. тонн стального проката. В последний раз судно вышло на связь 20 января в 200 км от китайского порта Шанхай, а 24 января сухогруз не прибыл в порт назначения. В поисковой операции участвовали самолеты и патрульные корабли Японии, Китая, Южной Кореи, а также десятки российских судов, проходивших по маршруту следования "Капитана Ускова". 28 января МИД КНР сообщил об обнаружении сухогруза, однако в тот же день назвал эту информацию преждевременной. В конце января поиски судна были прекращены, а 21 февраля береговая охрана Японии обнаружила пустую спасательную шлюпку "Капитана Ускова". Поиски сухогруза не возобновлялись.