26 июня 1996 года, через десять дней после первого тура президентских выборов, лидер КПРФ Геннадий Зюганов распространил письмо, в котором утверждал, что "руководителям субъектов федерации даны прямые указания любой ценой добиться во втором туре выборов победы Ельцина". Однако 4 июля, после второго тура выборов, он заявил, что не намерен оспаривать итоги голосования, и даже направил поздравительную телеграмму Борису Ельцину. Господин Зюганов лишь подчеркнул, что "народно-патриотический блок в ходе выборов подтвердил свою значимость и по-прежнему намерен отстаивать идеалы социальной справедливости и мира".
5 апреля 2000 года, после объявления итогов президентских выборов, прошедших 26 марта, Геннадий Зюганов обратился в Генпрокуратуру, оспаривая результаты выборов. Он заявил, что "зона фальсификации резко расширилась по сравнению с предыдущими президентскими выборами", серьезные нарушения зафиксированы в 25 субъектах РФ, а в 9 из них штаб КПРФ обнаружил "тотальную фальсификацию". Однако официально эти нарушения не были подтверждены.