19 апреля 2000 года член фракции "Яблоко" Сергей Степашин назначен главой Счетной палаты.
18 мая 2000 года лидер фракции СПС Сергей Кириенко назначен полпредом президента в Приволжском федеральном округе. С 15 ноября 2005 года занимает пост руководителя Федерального агентства по атомной энергии.
13 февраля 2004 года первый заместитель председателя партии "Яблоко" Владимир Лукин назначен уполномоченным по правам человека РФ.
10 марта 2004 года главой Федеральной антимонопольной службы назначен лидер санкт-петербургского отделения партии "Яблоко" Игорь Артемьев.
В апреле 2004 года член фракции СПС в Госдуме Андрей Селиванов назначен заместителем руководителя Федеральной службы по труду и занятости.