17 октября 2003 года Генпрокуратура обвинила президента компании "ЮКОС-Москва" Василия Шахновского в неуплате налогов на 29 млн руб. 27 октября он избран сенатором от парламента Эвенкийского АО, но 6 ноября Красноярский крайсуд признал избрание незаконным. 5 февраля 2004 года господин Шахновский приговорен к году тюрьмы и освобожден от наказания "в связи с изменением обстоятельств".
Весной 2006 года Генпрокуратура возобновила следствие по делу о хищении в 1997 году $231 млн в МАПО МиГ, подозреваемым по которому проходит экс-замминистра финансов, сенатор от заксобрания Пензенской области Андрей Вавилов. 10 января 2007 года Верховный суд признал наличие в его действиях состава преступления. Следствие продолжается.
2 июня 2006 года сотрудники ФСБ задержали сенатора от парламента Калмыкии Левона Чахмахчяна при получении взятки в размере $300 тыс. у главы совета директоров компании "Трансаэро". 9 июня парламент Калмыкии прекратил его полномочия. 8 декабря Верховный суд разрешил привлечь экс-сенатора к уголовной ответственности. 1 февраля 2007 года он арестован. 8 февраля господину Чахмахчяну предъявлено обвинение в хищении путем мошенничества.
В ноябре 2006 года в Мосгорсуде началось рассмотрение дела "кингисеппской" группировки киллеров, в связях с которой Генпрокуратура подозревала сенатора от госсобрания Башкирии Игоря Изместьева. 30 ноября госсобрание отозвало его из Совета федерации. 16 января 2007 года экс-сенатор арестован в Киргизии, ему предъявили обвинение в организации двух убийств. В июле добавлено обвинение в даче взятки в $10 тыс. сотруднику ФСБ за информацию об уголовном деле против его компании "Корус-холдинг".