16 ноября 1993 года Высший арбитражный суд по требованию Генпрокуратуры отозвал у компании "Югранефть" лицензии на разработку южной части крупнейшего в Западной Сибири Приобского нефтегазового месторождения. В прокуратуре сочли, что лицензия была выдана без проведения конкурса.
5 октября 1998 года Генпрокуратура возбудила дело по факту продажи за $10 млн основного добывающего актива "Роснефти" — компании "Роснефть-Пурнефтегаз". Компания, оценивавшаяся в $500 млн, была продана в счет погашения долгов по иску МАПО-банка. К 9 декабря все акции "Пурнефтегаза" возвращены материнской структуре.
25 мая 2001 года стало известно о возбуждении Генпрокуратурой уголовного дела по факту неуплаты "Сибнефтью" НДС на сумму от 12 до 14 млн руб. и необоснованного получения налоговых льгот. В этот же день акции компании упали на 5,5%, и она подешевела на $74 млн. 1 августа дело закрыто за отсутствием состава преступления.
В июне 2003 года с возбуждения уголовного дела по факту незаконной приватизации ОАО "Апатит" Генпрокуратура начала атаку на НК ЮКОС. 2 июля задержан глава МФО МЕНАТЕП Платон Лебедев, 25 октября — председатель правления ЮКОСа Михаил Ходорковский. В 2005 году оба получили по восемь лет. Тем временем ЮКОСу предъявили налоговые претензии на 582 млрд руб., что привело к продаже основного добывающего актива ОАО "Юганскнефтегаз". Сейчас ЮКОС проходит процедуру банкротства.
25 сентября 2006 года Генпрокуратура пригрозила подконтрольному ТНК-ВР ОАО "РУСИА Петролеум" отзывом лицензии на Ковыктинское месторождение за несоблюдение порядка его освоения. С 2006 года компания должна добывать 9 млрд кубометров газа в год, однако пока не может выйти на запланированные объемы.