В ночь на 22 апреля 1996 года у чеченского села Гехи-Чу уничтожен президент Ичкерии Джохар Дудаев. Ракета, выпущенная с бомбардировщика Су-24, была наведена по сигналу с его спутникового телефона.
23 июня 2001 года в чеченском селении Алхан-Кала в ходе спецоперации был застрелен полевой командир Арби Бараев. Дом, в котором он скрывался, был взят штурмом.
19 марта 2002 года в Ножай-Юртовском районе Чечни отравлен иорданец Хаттаб. ФСБ перехватила письмо из Саудовской Аравии, адресованное лидеру боевиков, и обработала его отравляющим веществом, вызывающим остановку сердца.
13 февраля 2004 года в столице Катара Дохе взорван джип бывшего президента Ичкерии Зелимхана Яндарбиева. Проведшие операцию двое сотрудников спецслужб России арестованы и приговорены к пожизненному заключению. В декабре они вернулись на родину для отбытия наказания. Об их дальнейшей судьбе ничего не известно.
28 февраля 2004 года в ущелье Чаеха (Дагестан) в случайном боевом столкновении с пограничниками убит полевой командир Руслан Гелаев.
В апреле 2004 года в Чечне в ходе боя с армейским спецподразделением уничтожен лидер арабских наемников Абу аль-Валид. Подробности не сообщались.
8 марта 2005 года в чеченском селении Толстой-Юрт в ходе спецоперации ФСБ уничтожен президент Ичкерии Аслан Масхадов. Масхадов приказал охраннику застрелить его после того, как их бункер был обнаружен войсками.
15 мая 2005 года в Грозном убит бывший вице-президент Ичкерии Ваха Арсанов. Арсанов и его сообщники, находясь в частном доме, обстреляли милицейский патруль и были уничтожены прибывшим подкреплением.
17 июня 2006 года на окраине Аргуна в ходе спецоперации уничтожен президент Ичкерии Абдул-Халим Сайдулаев, укрывавшийся в подвале пустующего дома. По словам премьера Чечни Рамзана Кадырова, местоположение боевика выдал кто-то из его окружения за 1,5 тыс. рублей.