Первым в новейшей истории министром юстиции РФ стал Николай Федоров, назначенный 14 июля 1990 года. Ушел в отставку 24 марта 1993 года в разгар конфликта между президентом РФ Борисом Ельциным и Верховным советом. Объяснил свое решение тем, что "политика все дальше выходит за пределы права и нравственности". Избирался в Госдуму, с февраля 1994 года — президент Чувашии.
С 13 апреля 1993 года обязанности министра исполнял Юрий Калмыков (официально назначен 5 августа 1993 года). Обвинял руководство Минэкономики и МВЭС в нарушениях при выдаче лицензий на добычу полезных ископаемых, а вице-президента Александра Руцкого — во владении счетом в швейцарском банке. 7 декабря 1994 года ушел в отставку в знак протеста против начала чеченской войны. Избирался в Госдуму, возглавлял Международную черкесскую ассоциацию, Российскую школу частного права. Умер в мае 1997 года.
5 января 1995 года министром стал Валентин Ковалев. В 1997 году по его предложению было принято решение о создании при Минюсте Службы судебных приставов. 25 июня 1997 года временно отстранен, а 2 июля освобожден от должности в связи с появлением видеоматериалов, на которых он запечатлен с девушками в бане. В феврале 1999 года арестован по обвинению в присвоении средств общественного фонда при Минюсте, в ноябре 2001 года приговорен к девяти годам условно. В настоящее время работает в одной из столичных коллегий адвокатов.
2 июля 1997 года Минюст возглавил Сергей Степашин. Добился передачи под контроль Минюста управления исполнения наказаний (из МВД) и права на регистрацию сделок с недвижимостью. 29 марта 1998 года назначен министром внутренних дел. С 1999 года — первый вице-премьер, затем — премьер-министр. Избирался в Госдуму, с апреля 2000 года — председатель Счетной палаты.
30 апреля 1998 года во главе ведомства встал Павел Крашенинников. Подготовил законы "О запрещении нацистской символики и литературы" и "О противодействии политическому экстремизму", которые не были приняты. 17 августа 1999 года отправлен в отставку вместе с правительством Евгения Примакова. Считается, что не сохранил пост в связи с отсутствием инициативы, отказом запретить КПРФ и начать "борьбу с экстремизмом" в нужном Кремлю русле. Избирался в Госдуму в 1999 и 2003 годах.
17 августа 1999 года министром назначен Юрий Чайка. За время работы сократил число федеральных партий с 59 до 35, не допустил ряд оппозиционных партий к региональным выборам 2005-2006 годов, защитил в Совете Европы скандальный закон о некоммерческих организациях. 23 июня 2006 года назначен генпрокурором России.