Конфликт между РАН и Минобрнауки возник осенью 2004 года из-за разработанного Минобрнауки проекта "Концепции участия РФ в управлении имущественными комплексами в сфере науки". В "Концепции" предлагалось оставить госфинансирование для 100-200 НИИ, а остальные перевести в новые формы управления и собственности, чтобы они зарабатывали самостоятельно. Главной новостью документа стало отсутствие в нем даже упоминания о Российской академии наук — традиционно автономного координатора и управленца научного сектора. В ответ президиум РАН потребовал от руководства страны отставки министра Андрея Фурсенко и его команды, которая, по мнению академиков, "не имеет отношения к науке и грозит ее развалом". В течение года руководство РАН организовало серию акций протеста академических профсоюзов, члены президиума РАН в своих выступлениях обличали руководителей Минобрнауки, президент РАН Юрий Осипов предупредил президента Владимира Путина о "грядущей катастрофе". В итоге скандальная "Концепция" была смягчена — за РАН признали приоритетную роль "в генерации российской научной мысли". Из концепции убрали и шокирующие цифры о сотне НИИ, за которыми будет сохранено право на полное бюджетное финансирование. В феврале 2006 года глава Минобрнауки Андрей Фурсенко и президент РАН Юрий Осипов заключили перемирие и подписали концепцию "Модернизации структуры, функций и механизмов финансирования российской науки", которую подкрепило апрельское постановление правительства о переводе академического сектора на отраслевую систему оплаты труда и новую тарифную сетку. Предполагалось, что повышение зарплат произойдет при сокращении персонала академии на 20% к 2008 году (на 2006 год было запланировано семипроцентное сокращение). Уменьшение штата при этом было отдано на откуп руководству академии.