В 2001 году прокуратура Москвы возбудила уголовное дело по факту вывода в офшоры активов принадлежащего ЮКОСу ОАО "Томскнефть-ВНК", но никаких обвинений тогда предъявлено не было. Летом 2003 года следствие активизировалось, а в январе 2004 года Генпрокуратура предъявила заочное обвинение в присвоении акций ОАО "Томскнефть" акционеру ЮКОСа Леониду Невзлину. Тогда же начались допросы по данному делу сотрудников ЮКОСа, в том числе замначальника правового управления ООО "ЮКОС-Москва" Светланы Бахминой.
7 декабря 2004 года в ходе очередного восьмичасового допроса сотрудники Генпрокуратуры намеревались предъявить госпоже Бахминой обвинения, однако ей стало плохо и ее увезли в 6-ю горбольницу. 8 декабря юрист из больницы доставлена на допрос и задержана. 10 декабря Басманный суд Москвы выдал санкцию на ее арест, и она была помещена в СИЗО #6.
17 декабря госпоже Бахминой предъявлены обвинения в хищении в 1998-1999 годах имущества и активов "Томскнефть-ВНК" на сумму более 8 млрд руб. (вместе с начальником правового управления ООО "ЮКОС-Москва" Дмитрием Гололобовым), а также в уклонении от уплаты подоходного налога в 2001-2002 годах на сумму 606 тыс. руб. 3 марта 2005 года Светлана Бахмина в знак протеста объявила голодовку, но 12 марта прекратила ее из-за проблем со здоровьем.
28 апреля Генпрокуратура завершила следствие. 13 мая госпоже Бахминой предъявлено окончательное обвинение по статьям 198 УК РФ ("Уклонение от уплаты налогов") и 160 УК ("Присвоение или растрата денежных средств"). 19 сентября дело Светланы Бахминой передано в Симоновский суд Москвы.
3 октября в Симоновском суде прошли предварительные слушания, 17 октября началось рассмотрение дела по существу. 23 марта 2006 года в ходе прений сторон гособвинитель Николай Власов потребовал приговорить Светлану Бахмину к девяти годам лишения свободы в колонии общего режима. 5 апреля госпожа Бахмина выступила с последним словом. Она не признала вины ни по одному из пунктов обвинения и попросила суд вынести оправдательный приговор.