3 декабря 2005 года 84 члена Общественной палаты (ОП) приняли обращение к Госдуме с просьбой отложить принятие поправок в законы "О некоммерческих организациях" и "Об общественных объединениях", усиливающих госконтроль за подобными структурами, до тех пор, пока палата не будет окончательно сформирована и не проведет их экспертизу. Поправки были приняты 23 декабря — за день до завершения формирования палаты. Законы получились более мягкими, чем предполагалось. Депутаты смягчили формулировки после личного вмешательства президента Владимира Путина.
3 февраля 2006 года комиссия регионального развития ОП рекомендовала Госдуме отложить принятие во втором чтении Водного кодекса. Палате не понравилось, что кодекс предполагает приватизацию и частное пользование водными объектами и разрешает забирать воду сверх лимитов за дополнительную плату. На следующий день Дума отложила рассмотрение кодекса из-за большого количества поступивших поправок. 18 апреля кодекс принят без учета пожеланий ОП.
13 марта председатель комитета по контролю за правоохранительными органами ОП Анатолий Кучерена представил совету ОП "Проект первоочередных и долгосрочных мер по устранению дедовщины в армии", разрабатывавшийся с января после инцидента с рядовым Андреем Сычевым. Минобороны было рекомендовано комплектовать сержантский состав исключительно по контракту, возродить суды офицерской чести, создать систему "общественного контроля" и ввести военную полицию. Министр обороны Сергей Иванов обещал подумать над предложениями, но заявил, что на введение, к примеру, военной полиции потребуется не меньше двух лет.
13 апреля секретарь ОП Евгений Велихов направил председателю Госдумы Борису Грызлову письмо с предложением на законодательном уровне запретить употребление чиновниками слов "доллар" и "евро". Свою позицию он объяснил необходимостью избавиться от стереотипа неустойчивости рубля. Господин Грызлов заявил, что этот вопрос достоин обсуждения.
14 апреля на заседании ОП одобрен комплекс мер по противодействию ксенофобии. Палата предложила чиновникам и милиционерам пройти аттестацию на знание межэтнических проблем, учителям — "индивидуально работать" с радикально настроенной молодежью, а журналистам — заняться самоцензурой. Кроме того, рекомендовано создать федеральный канал, вещающий на языках всех народов страны. В ближайшее время предложения будут разосланы в органы власти.
15 апреля ОП на своем заседании представила рекомендации по наведению порядка в армии. Среди них значились повышение призывного возраста до 20 лет, запрет занимать госдолжности уклонистам, создание вместо военных кафедр военно-учебных центров и введение отсрочек для сельских жителей. Побывавший на заседании статс-секретарь Минобороны Николай Панков предложения отверг, согласившись лишь с созданием попечительских советов при воинских частях.