Султан Гелисханов родился в 1955 году в Джамбульской области Казахской ССР. Чеченец, выходец из тейпа Ялхарой, к которому принадлежал и Джохар Дудаев. Окончил Саратовскую школу госавтоинспекторов и Ростовскую высшую школу милиции при Академии МВД СССР (1989). С 1977 года работал в Гудермесском автотехническом хозяйстве, был начальником автоколонны. С 1981 года — госавтоинспектор, с 1986 года — начальник ГАИ Гудермеса (в 1991 году получил звание майора милиции). С 1992 года — начальник Гудермесского городского ОВД. В марте 1993 года назначен начальником департамента госбезопасности (ДГБ) ЧР. В июне--ноябре 1994 года — одновременно комендант Чеченской республики Ичкерия.