13 июля 1999 года в здании Московской хоральной синагоги студент юрфака Академии труда и социальных отношений Никита Кривчун напал на коммерческого директора еврейской общины Москвы Леопольда Каймовского. Он несколько раз ударил его тесаком, после чего был задержан охранниками синагоги. Господин Каймовский попал в больницу. 28 февраля 2000 года Мосгорсуд направил Никиту Кривчуна на принудительное лечение.
23 декабря 2000 года в Большой хоральной синагоге совершено нападение на исполнительного директора Федерации еврейских общин СНГ Алана Берковича. Трое неизвестных, одетых в форму охранников, избили его, затащили в подвал, где окунули с головой в ритуальный бассейн микву и держали под водой, пока он не потерял сознание. Господин Беркович выжил. По факту нападения было возбуждено уголовное дело по части 2 статьи 213 УК РФ ("Хулиганство, совершенное группой лиц"). Об итогах расследования не сообщалось.
27 мая 2002 года на 32-м километре Киевского шоссе сработало взрывное устройство мощностью около 50 г тротила, заложенное под плакатом с антисемитским лозунгом. В результате взрыва Татьяна Сапунова, которая пыталась убрать плакат, получила ожоговые и осколочные ранения рук и ног. Федерация еврейских общин России оплатила ее лечение в Израиле. 15 мая 2003 года следствие было приостановлено и возобновлено 21 июля 2005 года для проверки причастности к взрыву Владимира Власова и Михаила Клевачева, подозреваемых также в подрыве 13 июня 2005 года поезда Грозный--Москва.
5 марта 2004 года на Гончарной набережной у входа в здание центра "Мекор Хаим" Института изучения иудаизма в СНГ сработало взрывное устройство мощностью около 250 г тротила. В результате взрыва легкие ранения получил один человек. О ходе следствия не сообщалось.
14 января 2005 года на Стрелецкой улице несколько молодых людей напали на сотрудника Еврейского центра Фомиука Эилияра. Спустя несколько часов в этом же районе аналогичное нападение было совершено на президента лиги "Маген", профессора и раввина Александра Лакшина. 21 июля 2005 года Останкинский суд Москвы приговорил нападавших — Дмитрия Розанова к четырем годам, а Андрея Максина к полутора годам тюрьмы.
30 июня 2005 года двое молодых людей ворвались в магазин кошерной еды на Трифоновской улице. При помощи огнетушителей они залили пеной прилавки, испортив большую часть продуктов. 3 июля погромщики были задержаны, об их судьбе не сообщалось.