Учредитель интернет-издания "Украинская правда" Георгий Гонгадзе исчез 16 сентября 2000 года. 2 ноября в Таращанском лесу под Киевом найден обезглавленный труп, в котором родственники опознали журналиста. Привлеченные к изучению тела российские эксперты объявили, что "труп на 99,6% принадлежит Георгию Гонгадзе". 28 ноября лидер Соцпартии Украины Александр Мороз обвинил в убийстве журналиста президента Леонида Кучму и его окружение, сославшись на аудиозапись разговоров главы государства, переданную ему экс-сотрудником СБУ Николаем Мельниченко.
27 февраля 2001 года генпрокуратура Украины (ГПУ) признала факт смерти господина Гонгадзе и возбудила уголовное дело по статье "Умышленное убийство". 16 мая глава МВД Украины Юрий Смирнов объявил, что убийство не имеет политических мотивов и совершено "из хулиганских побуждений".
24 октября 2003 года прокуратура объявила, что убийство "практически раскрыто". По подозрению в соучастии задержали главу департамента внешнего наблюдения МВД Украины генерал-лейтенанта Алексея Пукача. Однако в декабре с него сняли все обвинения, а сам он вышел на пенсию.
22 июня 2004 года британская газета Independent опубликовала материалы следствия, согласно которым журналиста убили милиционеры под руководством сотрудника киевского УБОПа Игоря Гончарова. Сам господин Гончаров в 2003 году был арестован по обвинению в убийстве других лиц и умер в СИЗО.
28 февраля 2005 года глава МВД Украины Юрий Луценко объявил о задержании подозреваемых в убийстве, не назвав их имен. 1 марта в затоке Днепра найдена голова Григория Гонгадзе. 4 марта на своей даче под Киевом найден мертвым экс-глава МВД Украины Юрий Кравченко, который через несколько дней должен был дать показания по делу. По официальной версии, экс-министр покончил с собой.
8 августа ГПУ заявила о завершении первого этапа расследования. В тот же день стали известны имена подозреваемых. Ими оказались бывшие сотрудники МВД Украины Валерий Костенко, Николай Протасов и Александр Попович, работавшие под началом генерала Пукача.
9 октября в рамках второго этапа расследования ГПУ возбудила уголовное дело против экс-президента Украины Леонида Кучмы по обвинению в превышении служебных полномочий. 10 октября генпрокурор Святослав Пискун подтвердил информацию о том, что заказчиком убийства Георгия Гонгадзе является Алексей Пукач, скрывшийся в Израиле.
23 ноября дело передано в Апелляционный суд Киева. 19 декабря начались предварительные слушания.