16 декабря 1999 года приговорен к 12 годам лишения свободы сотрудник 1-го департамента стран Азии МИДа Валентин Моисеев. Он признан виновным в передаче разведке Южной Кореи документов о сотрудничестве между РФ и КНДР. В сентябре 2000 года Верховный суд (ВС) направил дело на повторное рассмотрение. 14 августа 2001 года госпожа Комарова приговорила господина Моисеева к 4,5 годам тюрьмы.
19 апреля 2002 года вынесен приговор активистам леворадикальной организации "Реввоенсовет", которые обвинялись во взрыве памятника Николаю II в апреле 1997 года в подмосковном селе Тайнинское и подготовке взрыва памятника Петру I на Крымской набережной в Москве в июле 1997 года. Пятеро подсудимых получили от 4 лет условно до 11 лет заключения.
26 июня 2002 года заочно к 15 годам приговорен бывший генерал-майор КГБ Олег Калугин, проживающий в США. Он признан виновным в госизмене и разглашении гостайны, лишен звания и госнаград.
17 сентября 2002 года осужден на 1,5 года условно предприниматель Вячеслав Аминов. Он обвинялся в даче взятки в $50 тыс. генералу ФСБ, который должен был организовать его встречу с главой ведомства Николаем Патрушевым. 5 мая 2003 года ВС снизил наказание до одного года, признав, что имела место не дача взятки, а лишь покушение на нее.
14 мая 2003 года судья признала активисток организации "Новая революционная альтернатива" виновными в организации взрывов у здания приемной ФСБ в 1998 и 1999 годах и подрыве памятника Николаю II в Подольске в ноябре 1998 года. Четверо подсудимых получили от 5 лет условно до 9 лет. 4 декабря 2003 года ВС сократил одной из них срок с 6,5 до 5,5 лет.
12 января 2004 года жители КЧР Адам Деккушев и Юсуф Крымшамхалов приговорены к пожизненному заключению за взрывы жилых домов в Москве и Волгодонске в сентябре 1999 года.
7 апреля 2004 года к 15 годам приговорен ученый Игорь Сутягин. Он заведовал сектором военно-технического сотрудничества Института США и Канады РАН и обвинялся в передаче лондонской компании Alternative Futures секретной информации военного характера.
17 января 2005 года приговорена к 9 годам Зара Муртазалиева, обвинявшаяся в подготовке теракта в ТЦ "Охотный ряд", незаконном приобретении взрывчатки и вовлечении в террористическую деятельность двух москвичек. ВС сократил срок до 8,5 лет.
14 марта 2005 года судья вынесла приговор членам ОПГ, занимающейся угоном и продажей иномарок. Сотрудник ДПС Александр Морозов и главарь банды Олег Курапов получили по 9 лет тюрьмы, еще два члена группировки — по 8 лет. Сотрудник ГИБДД Юрий Морозов осужден на 3 года условно.
9 июня госпожа Комарова отказала в возмещении ущерба бывшему директору Магаданского института рыболовства и океанографии Александру Рогатных, оправданному по "крабовому делу". Господин Рогатных требовал компенсации за незаконное увольнение с поста руководителя института.