27 января 2004 года московское бюро Интерпола направило в полицию Израиля запрос о выдаче совладельцев НК ЮКОС Леонида Невзлина, Владимира Дубова и Михаила Брудно. Господину Невзлину инкриминируется присвоение акций ОАО "Томскнефть" и ОАО "Ачинский НПЗ", причастность к организации убийств и покушений, уклонение от уплаты налогов. Господин Дубов обвиняется в хищении 76 млн руб. из бюджета Волгоградской области, господин Брудно — в присвоении $2,8 млн ОАО "Апатит". Запрос остался без ответа, несмотря на существование между странами договора об экстрадиции.
В июле 2004 года Генпрокуратура России направила в Великобританию запрос на выдачу бывшего главного бухгалтера ЮКОСа Дмитрия Маруева и бывшего начальника управления регионального бизнеса ЗАО "Роспром" Натальи Чернышевой. Их обвиняют в участии в хищении 76 млн рублей из бюджета Волгоградской области. В октябре 2004 года дело об экстрадиции передано в магистратский суд Лондона, который 18 марта 2005 года отказал в выдаче, посчитав преследование обвиняемых "политически мотивированным".
11 февраля 2005 года на Кипр был отправлен запрос об экстрадиции адвоката Ивана Колесникова, обвиняемого в мошенническом приобретении для ЮКОСа 19,76% акций "Енисейнефтегаза". 4 марта он задержан в аэропорту Никосии при попытке выехать из страны. Решается вопрос о его выдаче.
В марте 2005 года магистратский суд Лондона принял к рассмотрению запрос об экстрадиции гендиректора фирмы "Апатит-трэйд" Александра Горбачева. Его обвиняют в незаконной реализации продукции ОАО "Апатит" по сговору с Михаилом Ходорковским. Суд отказал в его выдаче.
1 июля 2005 года в Вильнюсе по запросу Генпрокуратуры РФ задержан экс-управляющий ставропольского филиала банка "МЕНАТЕП Санкт-Петербург" Игорь Бабенко. Его обвиняют в хищении 119 млн руб. банка. Господин Бабенко утверждает, что его преследуют потому, что его банк контролировали люди из окружения Михаила Ходорковского. 8 сентября Вильнюсский окружной суд принял решение о его выдаче. Однако банкир попросил у Литвы политического убежища, для рассмотрения прошения власти продлили его арест до 8 января 2006 года.
12 июля 2005 года посольство России потребовало от госдепартамента США выдачи Леонида Невзлина, который приехал в Вашингтон для выступления в конгрессе на тему "Дело ЮКОСа и его последствия для политики и бизнеса в России". 15 июля американские власти отказались исполнить запрос, сославшись на отсутствие соглашения о выдаче.