Первым российско-белорусским договором, направленным на укрепление интеграции, стало подписанное 13 ноября 1992 года Соглашение о свободной торговле. Процесс интенсифицировался в 1995 году: 6 января подписано соглашение о Таможенном союзе, а 21 февраля 1995 года — Договор о дружбе, добрососедстве и сотрудничестве сроком на десять лет.
2 апреля 1996 года главы двух государств подписали в Москве Договор об образовании Сообщества России и Белоруссии. 2 апреля 1997 года подписан новый договор о преобразовании Сообщества в Союз, в мае был готов устав Союза.
Летом 1997 года наступил первый кризис в отношениях: 27 июля в Белоруссии по обвинению в незаконном пересечении границы арестованы сотрудники ОРТ Павел Шеремет и Дмитрий Завадский. В ответ были отменены визиты Александра Лукашенко в Калининградскую, Липецкую и Ярославскую области. 2 октября Борис Ельцин заявил: "Пускай он сначала отпустит Шеремета". 7 октября Павел Шеремет выпущен из тюрьмы.
25 декабря 1998 года в Москве президенты РФ и РБ подписали декларацию о дальнейшем единении России и Белоруссии (предполагающую введение единой валюты), договор о равных правах граждан и Соглашение о создании равных условий субъектам хозяйствования. 28 апреля 1999 года объявлено о завершении формирования единого таможенного пространства. Наконец, 8 декабря 1999 года подписан Договор о создании Союзного государства, вступивший в силу 26 января 2000 года. В январе 2000 года госсекретарем Союза избран Павел Бородин.
В июне 2000 года парламентарии двух стран приступили к разработке конституционного акта Союзного государства. Однако вскоре отношения вновь охладились — после того, как 7 июля 2000 года оператор ОРТ Дмитрий Завадский пропал недалеко от Минска. Затем обе страны долго пытались договориться о расширении сотрудничества в газовой отрасли и единой ценовой политике, но соглашений достичь не удавалось. В результате 13 июня 2002 года Владимир Путин упрекнул руководство Белоруссии в стремлении создать "что-то наподобие СССР". В ответ Александр Лукашенко обвинил Владимира Путина в желании расчленить Белоруссию.
В октябре 2003 года Александр Лукашенко заявил, что введение единой валюты не имеет смысла, так как "ничего не дает". Это означало конец планов перехода союза РФ и РБ с 1 января 2005 года на единую валюту — российский рубль.
1 января 2004 года "Газпром" прекратил поставки газа в Белоруссию, не сойдясь в цене на акции создаваемого на основе "Белтрансгаза" СП. 16 февраля Белоруссия отказалась подписывать договор на транзит российского газа. В тот же день президент Александр Лукашенко обвинил Россию в шантаже, а также пригрозил выходом республики из всех договоров с Россией. Проблемы решили 8 июня, когда "Газпром" и "Белтрансгаз" заключили новый контракт.