В сентябре 1993 года Юрий Лужков обвинил председателя Госкомимущества Анатолия Чубайса в "преступлениях в области приватизации". Мэр выступал против продажи акций крупных московских предприятий за ваучеры или на аукционах, настаивая на том, чтобы они распределялись среди трудовых коллективов. 10 июня 1994 года президент Борис Ельцин подписал указ о введении в Москве "особого порядка приватизации", по которому 20% акций предприятий резервировалось за мэрией.
14 апреля 1998 года премьер Сергей Кириенко и Юрий Лужков подписали соглашение о передаче в собственность города автозавода "Москвич", находящегося в затруднительном финансовом положении. Однако соглашение не было исполнено, так как Минфин отказался списать с предприятия долги бюджету. 7 мая 2003 года мэрия инициировала процесс банкротства завода, подав иск в арбитраж. 28 января 2004 года суд признал "Москвич" банкротом, оставив его в федеральной собственности.
11 апреля 2000 года мэрия Москвы подала в мосарбитраж иск к МАП РФ и МГТС о необоснованном повышении тарифов на телефонные переговоры с 30 до 52 рублей в месяц. Ранее Юрий Лужков просил правительство РФ отменить повышение тарифов и передать полномочия по их утверждению городу, но получил отказ. Суд отказался рассматривать иск.
11 апреля 2002 года мэр направил президенту Владимиру Путину обращение с просьбой передать аэропорт "Внуково" городу. Против выступило Минимущество, которое настаивало на том, что все аэропорты должны быть в федеральной собственности. Однако 31 октября 2003 года премьер Михаил Касьянов распорядился передать 61% акций "Внуково" Москве в счет федеральных бюджетных субвенций за исполнение функций столицы.
12 августа 2002 года мэр обратился в Конституционный суд с запросом о проверке Земельного кодекса и закона "О приватизации государственного и муниципального имущества", принятых незадолго до этого. По мнению столичных властей, городской бюджет мог выручить от продажи земли в частную собственность гораздо больше денег, чем разрешают данные нормативные акты. 5 ноября 2003 года запрос отклонен как неподведомственный суду.
2 октября 2002 года мэрия Москвы направила в КС запрос о законности постановления Верховного совета РСФСР от 27 декабря 1991 года о передаче памятников общероссийского значения в федеральную собственность и указа Бориса Ельцина от 20 февраля 1995 года, установившего перечень этих памятников. Мэрия не хочет расставаться с объектами недвижимости, в реставрацию которых вложены значительные средства. Запрос рассматривается в КС.
10 июня 2003 года Юрий Лужков подал запрос в КС о проверке закона "О несостоятельности (банкротстве)", который лишал субъекты федерации возможности участия в процедуре банкротства. 25 декабря 2003 года запрос был отклонен как не относящийся к юрисдикции суда.