О необходимости постройки собственного терминала в Шереметьево представители компании "Аэрофлот" начали говорить еще в 1998 году. В 1999 году авиакомпания и химкинская райадминистрация подписали договор об аренде на 49 лет участка в 50 га, примыкающего к Шереметьево-2. Начало эксплуатации терминала планировалось в 2003 году. 9 февраля 2001 года состоялась церемония закладки первого камня нового аэровокзала, управляющей компанией Шереметьево-3 по строительству была названа английская компания Bovis Land Lease International. Однако внезапно земельный комитет администрации Химкинского района отказался регистрировать договор, потребовав перерегистрировать в этом районе дочерние предприятия "Аэрофлота" (это было сделано лишь к концу 2002 года). Кроме того, у "Аэрофлота" возникли разногласия с ОАО "Международный аэропорт Шереметьево" (МАШ, владеет терминалами Шереметьево-1 и 2), которое хотело получить большую долю в новом терминале. Реализация проекта остановилась. В декабре 2002 года "Аэрофлот" обратился в Московский арбитражный суд, чтобы добиться регистрации договора аренды в администрации Химок. Впрочем, до судебного разбирательства дело не дошло, так как в мае 2003 года договор наконец был зарегистрирован, и авиакомпания отозвала иск. В январе 2004 года дочерняя компания концерна "Альфа-групп" — "Альфа-Шереметьево" — выиграла конкурс на управление МАШ. Однако из-за административной реформы его результаты не утвердили. "Аэрофлот" создал для строительства и управления третьим терминалом дочернюю компанию ОАО "Терминал". 22 сентября 2004 года гендиректор "Аэрофлота" Валерий Окулов заявил, что "совет директоров свое решение принял — Шереметьево-3 строить". В тот же день министр транспорта Игорь Левитин поправил компанию, напомнив, что "окончательное решение за государством". В итоге министр, возглавляющий совет директоров ОАО МАШ, добился его участия в проекте. МАШ и "Аэрофлот" принципиально договорились о совместном участии в проекте, а в феврале 2005 года совет директоров МАШ одобрил покупку 25% плюс одной акции АО "Терминал" у авиакомпании. О своей готовности участвовать в строительстве и управлении заявляли также Сбербанк и Внешторгбанк, каждый из них настаивает на приобретении по 25% плюс одна акция.