В 1993 году и дважды в 1997 году против кемеровского губернатора Михаила Кислюка прокуратурой области возбуждались дела по факту незаконного расходования кредитов. 1 июля 1997 года господин Кислюк освобожден Борисом Ельциным от должности, после чего все дела были прекращены "за отсутствием состава преступления". В августе 2004 года Генпрокуратура повторно возбудила одно из "кредитных" дел после заявления Михаила Кислюка о намерении баллотироваться в главы региона. Дело прекращено в ноябре 2004 года "за истечением срока давности".
31 декабря 1996 года Генпрокуратура возбудила дело против главы Марий Эл Владислава Зотина в связи с превышением полномочий. Поводом послужил его указ об отмене намеченных на 22 декабря выборов президента республики. Выборы прошли в срок, и Владислав Зотин их проиграл. 14 мая 1997 года дело прекращено по состоянию здоровья обвиняемого и в связи с тем, что "указ не имел серьезных последствий".
В октябре 2000 года возбуждено дело против губернатора Курской области Александра Руцкого в связи с незаконной приватизацией служебной квартиры в Курске. 22 октября 2000 года Александр Руцкой был отстранен от выборов в связи с недостоверными сведениями о личном имуществе. 25 января 2002 года Ленинский райсуд Курска признал приватизацию законной и закрыл дело.
27 июня 2002 года Ненецкая окружная прокуратура предъявила губернатору НАО Владимиру Бутову заочное обвинение по факту расходования в 1998 году средств, выделенных на северный завоз. В декабре 2002 года это и еще шести уголовных дел, в которых господин Бутов проходил как свидетель, закрыты по "различным реабилитирующим обстоятельствам".
25 апреля 2002 года прокуратурой Курской области возбуждено дело против губернатора Александра Михайлова по факту незаконного приобретения квартиры и растраты бюджетных средств на ее ремонт. Дело передано Генпрокуратуре и 27 января 2003 года закрыто, так как следствие не нашло в действиях областного руководства состава преступления.
14 мая 2004 года прокуратура Саратовской области возбудила дело против губернатора Дмитрия Аяцкова по факту незаконной выплаты за счет бюджета таможенных пошлин на сумму $7,3 млн за закупленные областью комбайны. Дело затребовала Генпрокуратура, которая 28 сентября 2004 года заявила о его прекращении в связи с отсутствием события преступления (так как Дмитрий Аяцков возместил 626 тыс. руб. бюджету). Закрытие дела связывали с обещанием господина Аяцкова Кремлю отказаться от участия в губернаторских выборах в 2005 году.
1 июня 2004 года Генпрокуратура возбудила дело против ярославского губернатора Анатолия Лисицына по факту нанесения ущерба бюджету области на сумму 1,5 млрд руб. в связи с подписанием в апреле 2001 года областного закона "О стимулировании экономического развития", фактически повлекшего создание незаконной офшорной зоны. 11 марта 2005 года дело прекращено за истечением срока давности.
28 декабря 2004 года прокуратура Самары возбудила дело против губернатора области Константина Титова по факту незаконного выделения бюджетных кредитов. Ленинский райсуд Самары в марте 2005 года признал возбуждение дела незаконным. 26 апреля Константин Титов переназначен губернатором Владимиром Путиным, а 4 мая 2005 года Самарский облсуд отказал горпрокуратуре в обжаловании решения Ленинского райсуда.
17 января 2005 года прокуратура Обнинска возбудила дело против брянского губернатора Николая Денина, сбившего насмерть женщину на служебном автомобиле. 14 апреля 2005 года дело прекращено "в связи с отсутствием состава преступления": по данным экспертизы, причиной ДТП стало неосмотрительное поведение пешехода при переходе трассы.