2 февраля 1995 года ПАСЕ приняла резолюцию #1055 "О запросе России на членство в свете ситуации в Чечне", осуждающую действия российских властей в Чечне. В документе содержалась рекомендация заморозить переговоры с Москвой о вступлении России в Совет Европы. МИД РФ заявил, что это решение "никак не отразится на принципиальном курсе России стать полноправным членом Совета Европы". 25 января 1996 года депутаты ПАСЕ проголосовали за членство России в СЕ.
4 ноября 1999 года ПАСЕ приняла резолюцию #1201 "Конфликт в Чечне", призывающую Россию объявить прекращение огня, начать переговоры с Асланом Масхадовым и прекратить рейды против мирного населения. Ответа России не последовало.
6 апреля 2000 года на сессии ПАСЕ в резолюции #1456 "Конфликт в Чеченской республике" парламентарии выразили недовольство политикой России на Северном Кавказе (странам--членам ПАСЕ предлагалось даже подать на РФ в Европейский суд по правам человека) и лишила российскую делегацию права голоса. Россияне в знак протеста покинули зал заседаний. В июне 2000 года делегация Госдумы отказалась от участия в сессии ПАСЕ, пока полномочия делегации не восстановят в полном объеме. "Мы политическим туризмом не занимаемся. ПАСЕ сама себя высекла",— заявил тогда депутат Дмитрий Рогозин. 25 января 2001 года депутаты ПАСЕ проголосовали за восстановление всех прав России в этой организации. Конфликт был исчерпан.
29 января 2003 года депутаты ПАСЕ резолюцией #1315 "Оценка перспектив политического разрешения конфликта в Чеченской республике" одобрили возможность создания международного трибунала по военным преступлениям и преступлениям против человечности в Чечне, предложенную представителем Германии в ПАСЕ Рудольфом Биндигом. Глава комитета Госдумы по международным делам Дмитрий Рогозин раскритиковал резолюцию, заявив, что инициатива Биндига — "это оголтелый труд оголтелого недруга России".
7 октября 2004 года сессия ПАСЕ приняла сразу три резолюции по Чечне. Избранный новым президентом республики Алу Алханов не признавался легитимным руководителем, а Россия вновь жестко обвинялась в нарушении прав чеченцев. Российская делегация обвинения отвергла. Кроме того, россияне после заседаний жаловались, что аппарат ПАСЕ, состоявший исключительно из немцев, всячески помогал Рудольфу Биндигу, блокируя внесение поправок в документы.