30 июня 1995 года президент РФ Борис Ельцин отправил в отставку главу МВД Виктора Ерина, директора ФСБ Сергея Степашина и вице-премьера, министра по делам национальностей и региональной политике Николая Егорова. Днем ранее на заседании Совета безопасности РФ они заявили о готовности понести ответственность за нападение Шамиля Басаева на Буденновск. Подавшие в отставку вместе с ними министр обороны Павел Грачев и секретарь Совбеза Олег Лобов сохранили посты.
20 июня 1996 года Борис Ельцин "в целях усиления и обновления команды президента" уволил руководителя Службы безопасности президента Александра Коржакова, директора ФСБ Михаила Барсукова и первого вице-премьера Олега Сосковца. Это произошло после скандала с "коробкой из-под ксерокса".
25 июня 1996 года — через неделю после отставки министра обороны Павла Грачева — своих постов лишились начальник Главного оперативного управления Генштаба Виктор Барынькин, начальник Главного управления воспитательной работы Минобороны Сергей Здориков, начальник организационно-мобилизационного управления Генштаба Вячеслав Жеребцов и еще ряд высокопоставленных военных. Все они были обвинены в попытке "оказания давления" на президента для восстановления в должности Павла Грачева.
31 июля 2000 года Владимир Путин освободил от должности десять высокопоставленных чиновников Минобороны, в том числе начальника вооружений Анатолия Ситнова, начальника Главного ракетно-артиллерийского управления Николая Караулова, начальника Центрального управления материальных ресурсов Александра Зобнина. По официальной версии, причиной стала "плановая ротация". По данным СМИ, отставки стали следствием конфликта между министром обороны Игорем Сергеевым и начальником Генштаба Анатолием Квашниным.
28 марта 2001 года Владимир Путин отправил в отставку глав Минобороны Игоря Сергеева, МВД Владимира Рушайло и Федеральной службы налоговой полиции — Вячеслава Солтаганова. Причиной названо "обновление руководства силовых ведомств".
11 марта 2003 года Владимир Путин отправил в отставку руководителей трех силовых ведомств — Константина Тоцкого (Федеральная пограничная служба), Михаила Фрадкова (Федеральная служба налоговой полиции) и Владимира Матюхина (Федеральное агентство правительственной связи). Отставки стали следствием перевода данных ведомств в другие структуры: ФПС и ФАПСИ вошли в ФСБ, налоговая полиция отошла к МВД.
19 июля 2004 года были отправлены в отставку начальник Генштаба Анатолий Квашнин, командующий СКВО Владимир Болдырев, главком внутренних войск МВД Вячеслав Тихомиров, командующий СКВО ВВ Михаил Лабунец и замдиректора ФСБ Анатолий Ежков. Причина не называлась, неофициально отставки связывают с бездействием федеральных сил во время нападения боевиков на Ингушетию в ночь на 22 июня 2004 года.