В декабре 1991 года министр обороны США Ричард Чейни, выступая в конгрессе, выразил обеспокоенность состоянием и безопасностью ядерных арсеналов на территории бывшего СССР и призвал разработать механизм контроля за ними.
В апреле 1995 года в Вашингтоне подписано соглашение РФ и США о сотрудничестве в области безопасного хранения и транспортировки ядерного оружия, согласно которому стороны обязались допускать военных инспекторов на свои ядерные объекты для взаимного контроля. В рамках соглашения США обязались выделить России оборудование для хранения демонтированных ядерных зарядов на общую сумму в $20 млн.
В ноябре 1995 года в подкомитете сената США по европейским делам прошли слушания на тему "Угроза утери Россией контроля над своими ядерными арсеналами", в ходе которой сенаторы выразили обеспокоенность данной проблемой. В Минатоме РФ отметили, что опасения американцев необоснованны.
26 сентября 1996 года подписан российско-американский договор о всеобъемлющем запрещении ядерных испытаний. Стороны обязались создать систему многоуровневого мониторинга и контроля за его соблюдением.
В октябре 1996 года в Washington Times опубликованы тезисы секретного доклада ЦРУ под названием "Перспективы несанкционированного использования российского ядерного оружия". В Минобороны РФ опровергли утверждения об ослаблении контроля над ядерными арсеналами.
В 1998 году бывший главком стратегических ядерных сил США генерал Юджин Хабигер посетил один из объектов 12-го главного управления Минобороны, где "лично убедился" в надежности хранения и эксплуатации ядерных боеприпасов, о чем по возвращении на родину доложил в конгрессе США.
В сентябре 1999 года в Россию прибыл министр энергетики США Билл Ричардсон, который посетил ряд ядерных объектов в Мурманске, Северодвинске, Димитровграде и Сарове и ознакомился с условиями хранения ядерных материалов. По итогам визита подписано соглашение о сотрудничестве в области учета, контроля и физической защиты ядерных материалов, США увеличили до $17,5 млн финансирование программ контроля и физической защиты ядерных материалов в России.