19 февраля 2004 года около остановки "Военный городок" на Московском проспекте сработало взрывное устройство. Самодельная бомба мощностью 400 г тротила, начиненная гайками и болтами, была заложена в мусорный контейнер. Контузии получили два человека. По факту взрыва возбуждено дело по ст. 213 УК РФ ("Хулиганство"), позже переквалифицированное на ст. 205 УК РФ ("Терроризм").
19 июля 2004 года в нескольких метрах от остановки "НИИ генетики" на улице Ломоносова произошел еще один взрыв. Бомба, имевшая ту же конструкцию и мощность, что и первая, была заложена в урну. Один человек погиб, пятеро получили ранения. Возбуждено дело по ст. 205 и 105 УК РФ ("Убийство"). В розыск объявлена отъехавшая от остановки незадолго до взрыва белая "Волга", за рулем которой находился кавказец.
26 июля 2004 года в лесополосе на перекрестке улиц 9 января и Антонова-Овсеенко в нескольких метрах от остановки "Кольцо" сработало самодельное взрывное устройство мощностью 500 г в тротиловом эквиваленте. Осколочные ранения получил один человек, повреждено пять автомобилей. Возбуждено дело по ст. 205 УК РФ. В розыск объявлены двое кавказцев, ушедших с остановки незадолго до взрыва.
В тот же день прокурор Воронежской области Александр Пономарев заявил, что все три дела объединены и расследуются по статьям "Терроризм" и "Убийство". 28 июля губернатор области Владимир Кулаков объявил о вознаграждении в 500 тыс. руб. за информацию, которая поможет задержать террористов. 17 сентября начальник УФСБ по Воронежской области генерал-майор Александр Андреев сообщил, что взрывы совершили исполнители из "мобильных транзитных групп", действующих в Центральной России по заданию террористических центров с Северного Кавказа. 3 ноября замглавы МВД РФ генерал-полковник Сергей Щадрин доложил, что исполнитель терактов установлен и объявлен в розыск. 17 ноября Александр Пономарев заявил, что один из двух исполнителей взрывов убит на Кавказе. 13 января 2005 года из источников в прокуратуре Самарской области стало известно, что в организации взрывов в Воронеже и ряда других терактов подозревают боевиков связанной с Шамилем Басаевым группы бывшего курсанта Ростовского военного училища Павла Косолапова. Он объявлен в розыск.