В 1986 году Владимир Бутов, тогда ученик слесаря по ремонту снегоходов "Буран" нарьян-марского объединения "Архоблбыттехника", был приговорен к 1,5 года исправительных работ за хищение. По данным СМИ, он оформлял продажу запчастей как работы по ремонту. Судимость погашена.
В 1991 году Владимир Бутов был приговорен к 3 годам условно за браконьерство. Во главе кооператива "Буран" он организовал вылов ценных пород рыб. Судимость погашена.
16 января 2001 года против губернатора НАО Владимира Бутова возбуждено дело в связи со "злоупотреблением служебным положением" при закупках топлива для региона (в 1997 году из 47 млрд бюджетных средств 8 млрд исчезли, 30 млрд попали на счета фирм, подконтрольных господину Бутову). 25 июня 2002 года господину Бутову предъявлено обвинение, он объявлен в федеральный розыск. 28 июня постановление о розыске отменено как преждевременное. 30 июня отменено решение о предъявлении обвинения "по различным реабилитирующим основаниям".
С марта 2001 года Бутов отказывался выдать лицензию на освоение Мусюшорского нефтяного месторождения победившему в тендере ООО "Северное сияние". Судебные приставы предприняли несколько попыток встречи с главой НАО. Так, 14 марта 2002 года он был встречен милиционерами в аэропорту Шереметьево-2 и препровожден в УВД СВО Москвы, где устроил скандал, обещав сорвать погоны со следователей. 30 марта на трапе самолета в аэропорту Нарьян-Мара губернатор оттолкнул настигших его приставов, посоветовав им "подтереться" исполнительным листом. 10 апреля против Владимира Бутова возбуждено дело по факту неисполнения судебного решения (315-я статья УК). 16 мая на местном ТВ губернатор назвал дело заказным, его инициаторов — людьми без совести. В июне Владимир Бутов подписал лицензию. 20 декабря дело закрыто из-за "реабилитирующих обвиняемого обстоятельств".
11 апреля 2003 года в Санкт-Петербурге машина Владимира Бутова по дороге на встречу с Владимиром Путиным была задержана сотрудником ГАИ Алексеем Поповым за нарушение ПДД. За отказ отпустить автомобиль, по данным СМИ, милиционер был избит губернатором и его сопровождающими и получил черепно-мозговую травму. 18 апреля против Владимира Бутова возбуждено дело по статье 318 УК РФ ("Насилие в отношении представителя власти"). 19 января 2004 года дело передано в суд, 25 марта начались слушания.
16 сентября 2004 года Владимир Бутов раскритиковал инициативу президента по выборам глав регионов: "Население регионов должно самостоятельно выбирать, кто ими будет руководить. Это право им предоставлено Конституцией РФ. Схема выборов глав регионов через законодательные собрания будет неэффективной".