В январе 2003 года газеты "Советская Россия" и "Завтра" опубликовали статью "Операция 'Крот'", в которой Геннадий Семигин обвинялся в сговоре с Кремлем и подрыве единства НПСР. 17 января президиум ЦК принял постановление, в котором указывалось, что эти действия "угрожают фактическим двоецентрием в НПСР". Незадолго до начала кампании по выборам в Госдуму стало известно, что господин Семигин может не попасть в федеральный список КПРФ. Однако на съезде КПРФ Геннадию Семигину с помощью своих сторонников удалось попасть в список, вытеснив оттуда Василия Шандыбина.
На выборах КПРФ набрала 12,6% голосов. 16 декабря 2003 года на интернет-сайте КПРФ опубликовано открытое письмо Геннадия Зюганова, в котором он призвал бороться с "политическими оборотнями многоразового использования", которых внедряет в ряды КПРФ правящий режим. Геннадий Семигин ответил заявлением о том, что не исключает возможности выдвижения кандидатом в президенты России от левых: "Либо Зюганов, либо никто, либо я". Однако 28 декабря на съезде КПРФ при выборе кандидата он проиграл Николаю Харитонову.13 января 2004 года пресс-служба КПРФ распространила "Обращение ко всем партийным организациям КПРФ" с призывом "дать отпор попыткам превращения партии в прислужницу капитала и нынешнего режима" и полностью избавиться от пережитков "семигинщины". В конце января президиум ЦК дал всем коммунистам--членам исполкома НПСР указание прекратить работу в этом органе. В ответ Геннадий Семигин собрал Конгресс патриотов России и призвал к смене руководства КПРФ. 18 мая президиум ЦК КПРФ исключил господина Семигина из партии за нарушение устава. 31 мая шесть членов ЦК, считающихся сторонниками Геннадия Семигина, обнародовали обращение к коммунистам с призывом к Геннадию Зюганову уйти в отставку.