11 июля 2001 года в Курчалоевском районе Чечни в результате спецоперации федеральных сил убит Абу Умар Мохаммед аль-Сейф, руководивший лагерем по подготовке подрывников. Дом, где укрылся террорист, забросали гранатами. В том же году в районе Аргунского ущелья Чечни при взрыве снаряда погиб Денис Сайтаков.
19 марта 2002 года в Чечне в результате спецоперации ФСБ умер от отравления Хабиб Абу-эль-Рахман Хаттаб — Черному Арабу было отправлено ядовитое письмо.14 июля 2002 года в Грузии на границе с Турцией в селении Даба-Уреки местными спецслужбами задержан Адам Деккушев. 15 июля 2002 года он передан российским правоохранительным органам. 6 декабря 2002 года в Грузии на границе с Азербайджаном в селе Кабала Лагодехского района схвачен Юсуф Крымшамхалов. Сопровождавший его Тимур Батчаев убит при задержании. 7 декабря Крымшамхалов передан в Москву. 13 января 2004 года Мосгорсуд приговорил Деккушева и Крымшамхалова к к пожизненному заключению.
СМИ со ссылкой на ФСБ также сообщали об уничтожении в Чечне Равиля Ахмярова и Заура Батчаева. Руководитель террористов, действовавших в Москве и Волгодонске, Ачимез Гочияев находится в розыске.