В январе 2001 года возбуждено уголовное дело против бывшего первого заместителя председателя Госкомрыболовства Михаила Дементьева. Следствие установило, что в период с мая по октябрь 2000 года Михаил Дементьев, превысив полномочия, направлял указания в органы рыбоохраны Сахалинской, Камчатской и Магаданской областей о предоставлении квот ряду коммерческих структур, занимавшихся промыслом крабов, чем нанес государству ущерб в $1,5 млн. 20 мая 2002 года чиновник приговорен к пяти годам лишения свободы.
25 ноября 2002 года Генпрокуратура в рамках расследования убийства губернатора Магаданской области Валентина Цветкова возбудила дело о хищении биоресурсов Охотского моря ("крабовое дело"). Обвинения в получении с помощью губернатора Цветкова завышенных квот на вылов дорогостоящих морепродуктов и причинении ущерба государству в размере $38,5 млн были предъявлены директору Магаданского НИИ рыболовства и океанографии Александру Рогатных, общественному советнику губернатора Виктории Тихачевой и двум заместителям главы Госкомрыболовства — Юрию Москальцову и Леониду Холоду. Дело в отношении последнего закрыто за отсутствием состава преступления. 13 апреля 2004 года Мосгорсуд приговорил Юрия Москальцова и Викторию Тихачеву к четырем годам лишения свободы, Александра Рогатных — к трем годам.В январе 2003 года при распределении промышленных квот правительство отдало Приморью 37% годового улова, хотя глава Госкомрыболовства Евгений Наздратенко настаивал на 50%. Господина Наздратенко акциями протеста поддержали приморские рыбаки, и квоты были увеличены до 50%. Но губернатор Приморья Сергей Дарькин, по данным Ъ, распределил квоты в пользу подконтрольных его окружению предприятий, оставив рыбаков "лагеря Наздратенко" без заработка. В ответ глава Госкомрыболовства отказался подписать приказ о начале путины, в крае продолжились протесты. 14 февраля 2003 года премьер Михаил Касьянов временно отстранил главу Госкомрыболовства от должности. 14 марта Евгений Наздратенко подписал приказ о своем восстановлении, заявив, что отстранять чиновников можно только на месяц. 30 апреля Владимир Путин вмешался в ситуацию и назначил Евгения Наздратенко замсекретаря Совбеза.