В апреле 2000 года правительство распорядилось перевести в Чечню до конца года 7,5 млрд рублей, из них 2,5 млрд — бюджетные средства, 1 млрд — средства Пенсионного фонда и 4 млрд — деньги "Газпрома" и РАО "ЕЭС России" на восстановление энергосистемы республики. Тогда же в бюджете появилась отдельная строка: восстановление экономики Чечни. 1 декабря 2000 года коллегия Счетной палаты обнародовала итоги проверки расходования средств: из бюджета поступило 1,3 млрд рублей, 65,5 млн из них исчезло.
В 2001 году бюджетом на Чечню выделено 4,5 млрд рублей, еще 10,7 млрд рублей должны были обеспечить естественные монополии. В ходе проверки Счетной палаты в конце года аудиторами выявлено нецелевое расходование 711 млн рублей.28 декабря 2001 года утверждена федеральная целевая программа "Восстановление экономики и социальной сферы Чеченской республики (2002 год и последующие годы)". Финансирование программы из бюджета было расписано правительством по годам: 2002 год — 4,5 млрд рублей, 2003 год — 3,5 млрд рублей, 2004 год — 4,1 млрд рублей, 2005 год — 4,5 млрд рублей. 18 апреля 2003 года председатель Счетной палаты РФ Сергей Степашин заявил, что в Чечне в 2002 году не по назначению израсходовано 366 млн рублей, выделенных на восстановление, из них 21 млн рублей расхищено. 19 марта 2004 года на заседании коллегии Счетной палаты РФ обнародованы результаты проверки исполнения бюджетного законодательства при выполнении строительно-восстановительных работ в Чечне по итогам 2003 года: не по назначению потрачено 2,1 млрд рублей.
За три последних года, по данным Счетной палаты, нецелевые расходы в ходе восстановительных работ в Чечне составили 5 млрд рублей.