19 декабря 2003 года Верховный суд Карачаево-Черкесии вынес приговор трем гражданам, обвинявшимся в пособничестве террористам. За подделку документов и мошенничество Шадид Борзаев получил шесть лет тюрьмы, Луиза Даудова — пять с половиной, Рита Биджиева — два с половиной года лишения свободы. Обвинение в пособничестве террористам было снято.
12 февраля 2004 года Лефортовский суд Москвы приговорил к семи годам тюрьмы и запретил в течение трех лет занимать должности в органах власти майору милиции ОВД "Нижегородский" Игорю Алямкину, оформившему регистрацию в столице чеченской террористке Луизе Бакуевой, участнице захвата театрального центра. Подсудимый признал вину только в превышении полномочий и настаивал, что регистрацию оформил по приказу своего начальника Алексея Промыслова.Со дня теракта в Тверской суд Москвы был подан 61 иск к правительству Москвы и департаменту финансов с требованием возместить моральный ущерб на общую сумму около $60 млн (от $500 тыс. до $2,5 млн). Все иски были отклонены. Также в Басманный суд Москвы поступили аналогичные иски от иностранных граждан на общую сумму в $9,5 млн, которые тоже были отклонены. Тверской суд Москвы частично удовлетворил 14 исков потерпевших от теракта на Дубровке о возмещении материального ущерба.