После ухода с поста президента Морис Ямеого провел под арестом почти пять лет. За это время он совершил две попытки самоубийства. Организованная его сыном Эрманом Ямеого попытка освобождения с помощью лояльных военнослужащих сорвалась. Экс-президента бросила жена, после того как новая власть конфисковала его дворец в родном городе Кудугу, купленный на французский кредит Верхней Вольте, и виллу на Французской Ривьере (впоследствии экс-президент женился третий раз).
Во время военных переворотов 1980-х Ямеого был сторонником президента Жан-Батиста Уэдраого. После его свержения и прихода к власти Томаса Санкары первый президент страны был приговорен к расстрелу. Приговор не был приведен в исполнение. В 1984 году в связи с амнистией в честь первой годовщины революции Ямеого был освобожден. Он выступил по национальному радио и поклялся в верности Санкаре. В 1991 году первый президент был реабилитирован и получил назад конфискованную в 1966 году собственность. В 1993 году проходил лечение в Париже, но решил вернуться умирать на родину. 15 сентября 1993 года он скончался во время авиаперелета в Буркина-Фасо.