В 1963 году постановлением Совета министров СССР был создан Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии для разработки научных основ противоэпидемического обеспечения населения страны.
Институт является головным учреждением Научного совета по эпидемиологии, инфекционным и паразитарным заболеваниям, созданного совместным приказом МЗ и РАМН, осуществляющего координацию и экспертизу научно-исследовательских работ в России по проблемам эпидемиологии и инфекционной патологии.
На базе института функционируют центры Роспотребнадзора: Федеральный научно-методический центр по профилактике и борьбе со СПИДом, российские центры по внутрибольничным инфекциям; менингококковой инфекции и гнойным менингитам; шигеллезам; сальмонеллезам; зоонозам; по слежению за состоянием коллективного иммунитета к инфекциям, управляемым средствами специфической профилактики; Центр молекулярной диагностики инфекционных болезней; сотрудничающий с ВОЗ Центр по зоонозам.
Институт является одним из главных разработчиков в стране теоретических основ и концепций в области эпидемиологии, социально-экономической значимости инфекционных болезней, патогенеза, диагностики, терапии и профилактики инфекционных болезней.
В числе сотрудников института 5 академиков РАН, 2 члена-корреспондента РАН, 18 профессоров, 39 докторов и 50 кандидатов наук, 6 заслуженных деятелей науки РФ, 6 лауреатов Государственных премий, 15 лауреатов премий правительства РФ.