9 ноября 1991 года вместе с Сайд-Али Сатуевым и Лом-Али Чачаевым осуществил угон самолета из Минеральных Вод в Турцию.
В 1992-1993 годах участвовал в абхазо-грузинской войне в должности замминистра обороны Абхазии, командующего войсками конфедерации народов Кавказа.В январе 1995 года командовал абхазским батальоном при обороне Грозного.
14 июня 1995 года до 200 террористов под командованием Шамиля Басаева совершили нападение на город Буденновск в Ставропольском крае и захватили в заложники местных жителей и пациентов больницы. В результате акции в Буденновске около 129 человек погибли, более 400 были ранены.
В августе 1996 года был одним из организаторов захвата Грозного чеченскими боевиками.
7 августа 1999 года отряды Шамиля Басаева и Хаттаба вошли в Дагестан, где завязались крупномасштабные бои.
9 января 2001 года подчиненные Шамиля Басаева похитили представителя международной гуманитарной миссии "Врачи без границ" гражданина США Кеннета Глака.
1 ноября 2002 года Шамиль Басаев заявил, что теракт в московском театральном центре на Дубровке 23-26 октября 2002 года осуществили боевики возглавляемого им подразделения шахидов "Риядус Салихийн". Это подтвердил и лидер террористов Мовсар Бараев.
Что приписывают Шамилю Басаеву
7 марта 1999 года глава МВД России Сергей Степашин заявил, что Шамиль Басаев "напрямую причастен" к похищению полномочного представителя МВД генерала Геннадия Шпигуна, совершенному 5 марта 1999 года. Сам Шамиль Басаев никогда не подтверждал своей причастности к захвату генерала Шпигуна.3 декабря 1999 года начальник управления содействия ФСБ Александр Зданович заявил, что "абсолютно доказано" членство исполнителей взрывов жилых домов в Москве и Волгодонске в экстремистских ваххабитских группировках, возглавляемых Шамилем Басаевым и Хаттабом. В результате этих терактов погибли более 230 человек. Басаев отказывался как-либо комментировать эти заявления, следствие по делу продолжается.
10 декабря 2000 года военный комендант Чечни Иван Бабичев и командующий объединенной группировкой войск на Северном Кавказе Валерий Баранов заявили, что Шамиль Басаев ответственен за организацию теракта в чеченском селении Алхан-Юрт 9 декабря, когда 16 человек погибли и 20 получили ранения. Сам полевой командир опроверг свою причастность к теракту.