Самым громким делом, по которому правозащитники обвиняют спецслужбы в применении пыток, остается так называемое дело организации «Сеть», по которому арестованы фигуранты из Санкт-Петербурга, Пензы и других регионов. Практически все они заявляли при встречах с правозащитниками или родственниками о применявшихся к ним пытках. Ряд арестованных в связи с этим отказались от якобы выбитых у них признательных показаний, а другие решили не жаловаться на пытки и заключили сделки со следствием. Наличие телесных повреждений, в том числе с применением электрошокера, зафиксировано членами ОНК и медицинскими документами. Однако СКР отказался возбудить уголовное дело о пытках в отношении сотрудников ФСБ по заявлению обвиняемого по делу «Сети» программиста Виктора Филинкова и не принял к рассмотрению заявление свидетеля по тому же делу Ильи Капустина о применении к нему пыток (господин Капустин попросил политическое убежище в Финляндии). Адвокат Виталий Черкасов, защищающий Виктора Филинкова, в жалобах в прокуратуру настаивает, что того подвергали также психологическому давлению, лишив до официального задержания в течение около 30 часов сна, пищи и воды. После ареста Виктор Филинков заявил об угрозах со стороны оперативных сотрудников ФСБ, что в СИЗО его могут изнасиловать или убить сокамерники. Петербургское УФСБ сообщало, что выводы ОНК о применении к Виктору Филинкову незаконных действий «подтверждения не нашли».
Адвокат Ольга Кривонос направила жалобу в президентский Совет по правам человека о «пыточных условиях» в СИЗО-6 в Ленобласти, куда перевели из более благополучного СИЗО в Петербурге ее подзащитного, промышленного альпиниста из Петербурга Юлия Бояршинова, якобы реализовав угрозу ухудшить его положение из-за отказа давать показания в соответствии с 51-й статьей Конституции. Он помещен в камеру на 130 человек, где есть только 116 спальных мест и на человека приходится 2 кв. м. Соседство с сокамерниками, в том числе ранее осужденными за насильственные преступления, угрожает его жизни и здоровью, заявила адвокат. О пытках рассказали и объединившиеся в «Родительскую сеть» матери обвиняемых: по словам матери Дмитрия Пчелинцева, ее сыну угрожали инсценировать и показать родственникам видеозапись с его самоубийством, мать Армана Сагынбаева заявила, что к нему применяли пытки при перевозке из Петербурга в Пензу, а ей следователь угрожал прекращением передачи сыну необходимых лекарств.