В декабре 2010 года в результате неправильной заправки разгонного блока ракеты-носителя «Протон-М» три спутника ГЛОНАСС-М упали в Тихий океан. Ущерб был оценен в 4,3 млрд руб. Тогдашний глава космического агентства Анатолий Перминов сначала получил выговор, а в апреле 2011 года, после ряда других ЧП, потерял пост. В мае того же года было возбуждено дело по статье «халатность». В марте 2017 года четыре сотрудника РКК «Энергия» оказались на скамье подсудимых. Им грозит до десяти лет лишения свободы.
В июле 2012 года руководство ОАО «Российские космические системы» (РКС) заподозрили в нецелевом расходовании более 565 млн руб., выделенных на ГЛОНАСС. По версии следствия, деньги отмывались через фирмы-однодневки. Было возбуждено дело в отношении «неустановленных лиц». В ноябре того же года стало известно, что объем хищений в РКС мог достигать 6,5 млрд руб. В рамках большого расследования в мае 2013 года были арестованы действующий и бывший гендиректора ООО «Синертек» Владимир Полишкаров и Евгений Моторный, которых обвинили в хищении 85,3 млн руб., полученных от РКС. В ноябре 2015 года фигуранты дела оказались на скамье подсудимых. О вынесении приговора не сообщалось.
В июне 2013 года ФСБ выявила хищения при строительстве здания ГЛОНАСС в подмосковном Королеве. Дело было возбуждено в отношении первого заместителя главы ФГУП «Центральный НИИ машиностроения» Джорджа Ковкова, начальника отдела капстроительства этой организации Александра Чернова, гендиректора управления №5 при Спецстрое Александра Белова. Чиновников заподозрили в хищении более 107 млн руб. В мае 2016 года они вместе с гендиректором ООО «Спецмонолит» Романом Мартыненко и гендиректором компании «Проконсалтинг» Дмитрием Белицким оказались на скамье подсудимых. Дело находится на рассмотрении в суде.
В октябре 2017 года перед судом предстали бывшие топ-менеджеры РКС Игорь Крылов и Виталий Толмачев, а также бизнесмены Александр Поляков и Алексей Диордица, поочередно возглавлявшие ЗАО «Меркурий». Их обвинили в хищении 400 млн руб. в период с 2011 по 2013 год. По версии следствия, деньги похищались благодаря договорам, заключенным между предприятием и ЗАО на производство деталесборочных единиц для космических аппаратов ГЛОНАСС-М. В декабре того же года Игорь Крылов получил шесть лет лишения свободы, остальные — по четыре года.