12 декабря 1993 года по итогам парламентских выборов в Госдуму первого созыва Аграрная партия Россия набрала 7,99% голосов избирателей (4,3 млн человек). У партии было 37 мандатов (по партсписку — 21, по одномандатным округам — 16).
17 декабря 1995 года на парламентских выборах партия не смогла преодолеть 5-процентный барьер, получив только 3,8% голосов (2,6 млн избирателей). По результатам выборов в одномандатных округах партия получила 20 мест.
19 декабря 1999 года партийцы участвовали на выборах в составе блоков «Отечество — вся Россия» (ОВР) и КПРФ: девять представителей партии были избраны от ОВР, от КПРФ — пять. Еще двое прошли как независимые кандидаты.
7 декабря 2003 года на выборах в Госдуму партия получила 3,6% голосов (2,2 млн избирателей), не преодолев 5-процентный барьер. По одномандатным округам прошли два представителя Аграрной партии, которые после выборов вошли во фракцию «Единой России».
2 декабря 2007 года на выборах партия не смогла преодолеть 7-процентный барьер, набрав 2,3% голосов (1,6 млн избирателей). Выборы по одномандатным округам не проводились.
12 сентября 2008 года руководство Аграрной партии России объявило о роспуске, призвав своих членов войти в состав «Единой России». В июне 2012 года Минюст зарегистрировал Аграрную партию России под председательством Ольги Башмачниковой. В выборах 18 сентября 2016 года партия участие не принимала.