16 июня 1996 года Геннадий Зюганов впервые принял участие в президентских выборах. В первом туре лидер КПРФ занял второе место, получив 32,03% голосов (24,2 млн избирателей). 3 июля 1996 года он проиграл второй тур, набрав 40,31% голосов (30,1 млн) против 53,8% (40,4 млн) у Бориса Ельцина. По официальным данным, к первому туру в избирательный фонд господина Зюганова было внесено 6,3 млрд неденоминированных руб., в фонд Бориса Ельцина — 14,4 млрд.
26 марта 2000 года лидер КПРФ получил на выборах 29,30% голосов (21,9 млн избирателей), снова став вторым. Владимир Путин, избранный президентом, получил 53% голосов (39,7 млн). По данным ЦИКа, больше всех на свою кампанию потратил Геннадий Зюганов — 24,6 млн руб. против 12,7 млн руб. расходов штаба Владимира Путина.
В следующих выборах, прошедших 14 марта 2004 года, Геннадий Зюганов участия не принимал, от коммунистов баллотировался Николай Харитонов.
2 марта 2008 года господин Зюганов получил 17,72% голосов (13,2 млн избирателей), заняв второе место. Дмитрий Медведев, ставший президентом, набрал 70,28% голосов (52,5 млн). По данным ЦИКа, в избирательный фонд лидера КПРФ поступило 61,2 млн, Дмитрия Медведева — 190,4 млн руб.
4 марта 2012 года Геннадий Зюганов принял участие в президентских выборах в четвертый раз и получил 17,18% голосов (12,3 млн избирателей), вновь став вторым. Опередивший его Владимир Путин получил 63,6% голосов (45,6 млн). В избирательный фонд лидера КПРФ поступило почти 275,5 млн руб., Владимира Путина — 434,3 млн руб.